《儒道佛与中医药学》取名《儒道佛与中医药学》，可能引起两点争议：一是儒道佛之连称及其排列顺序，二是儒道能否与中医药学相提并论。有的学者习惯称作儒道释或佛老孔、老孔佛等，这些提法虽无原则性的错误，但却有混淆文化派别与其代表人物之弊。按学派言，应称儒道佛或道儒佛、佛道儒；按创始人和代表人物言，则应称孔老释或老释孔、释孔老。至于三者的排列顺序，可因视角有异，而有先后之别，《儒道佛与中医药学》按照三个文化派别对中医药学影响的深度和广度，而称儒道佛。还有的学者认为，中医药学是科学，儒道佛是宗教，在本质上尖锐对立，岂能相提并论？诚然，从隋唐开始，儒、道、佛并称“三教”，其中道、佛是公认的宗教。今人对儒是否为宗教，虽有不同看法，但都不否认其有宗教迷信思想，诸如想念天命鬼神、崇拜偶像、主张祭祀等。先秦汉初道家虽不把上帝、鬼神视为世界万物的主宰者，但并不否认其存在，此与科学在根本上是对立的。中医药学作为研究、揭示人的身心疾病产生、变化的规律和防治方法的科学，确与宗教迷信具有严格的界限，不容混淆。
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