《拜月亭》的故事情节,围绕蒋世隆与王瑞兰、陀满兴福与蒋瑞莲的爱情纠葛而展开,说的是元兵进攻金国当时的首都中都(今北京),金主听信主和派大臣聂贾列的谗言,杀了主战派大臣陀满海牙,并欲诛杀其全家。陀满海牙之子陀满兴福闻讯潜逃,得遇秀才蒋世隆资助,并与之结为兄弟。在元朝大兵压境的形势下,金主迁都汴梁(今开封),并令全城居民随迁。蒋世隆与妹妹瑞莲在迁徙途中走失。其时,兵部尚书王镇奉旨北上出使,留在家中的夫人与女儿瑞兰也在随迁途中走失。蒋世隆没有找到瑞莲,却遇上了瑞兰,两人患难与共,心生爱慕,在招商店老夫妇撮合下结为夫妇。尚书夫人在找女儿的时候找到了瑞莲,两人相依为命,一路南下,夫人还认了瑞莲为义女。王镇北上出使归来,在途中的招商店遇到瑞兰,见她私自嫁人,并且还是嫁给了一个穷秀才,不由得勃然大怒,抛下染病的蒋世隆,将女儿拉了就走。元兵撤退以后,天下太平。王镇在汴梁城中摆下“太平家宴”,瑞兰却独自在拜月亭前对月祷告,祈求上天让她与丈夫蒋世隆重逢,被义妹瑞莲听见,瑞莲由此得知姐夫就是自己的哥哥,心中又惊又喜,两人一起向月神祈祷,祝愿亲人平安,早日归来。最后,蒋世隆与陀满兴福双双考中文武状元,王镇奉圣旨为二女招亲,全剧便以夫妇兄妹的大团圆而落下帷幕。《拜月亭》以大团圆为结局,各部分的情节主要由意外的巧合来衔接。譬如蒋世隆走失了妹妹,却遇到尚书小姐;尚书夫人失落了女儿,却遇到了蒋世隆的妹妹并认作义女;尚书王镇出使归来途中先是遇到了女儿,第二天又在驿馆中遇到了夫人;王尚书奉旨为二女招新科文武状元为婿,文武状元又恰好是二女之情人。对于小说而言,这些“巧合”似乎多了一些;对戏剧而言,却仍然是真实可信,并在此基础上大胆地讴歌了中国古代青年男女之间纯真的爱情。