温疫,相当于现代医学所讲的传染病,它对人类的危害很大,在一定的外界环境条件下可以在人群中传播,造成流行。温疫流行时,发病迅速,症状剧烈,波及人数多,影响范围大,严重危害广大人民的生命健康。《温疫论》在传染病的病源、病因以及免疫性、流行性的大量论述都十分科学。尤其在17世纪中叶细菌学出现之前,《温疫论》提出了:“夫温疫之为病,非风非寒,非暑非湿,乃天气间别有一种异气所感”,这种异气即“戾气”。这种学说是十分先进的。《温疫论》对温疫的免疫性的论述也确是十分令人敬佩。书中说:“至于无形之气,偏中于动物者,如牛瘟、羊瘟、鸡瘟;鸭瘟,岂但人疫而已哉?然牛病而羊不病,鸡病而鸭不病,人病而禽兽不病,究其所伤不同,因其气各异。”真是一段绝妙的阐述。