1 计算基因搜寻
1.1 引言
1.2 遗传作图
1.3 物理作图
1.4 测序
1.5 相似性搜寻
1.6 基因预测
1.7 突变分析
1.8 比较基因组
1.9 蛋白质组学
2 限制酶切作图
2.1 引言
2.2 双酶切问题
2.3 双酶切问题的多重解
2.4 着色图中的交错圈
2.5 交错欧拉圈的变换
2.6 物理图谱与交错欧拉圈
2.7 部分酶切的问题
2.8 同交效集
2.9 若干其他的问题和方法
第3章 图谱装配
3.1 引言
3.2 非惟一探针的作图
3.3 惟一探针的作图
3.4 区间图
3.5 用限制酶切片段指纹图谱作图
3.6 若干其他的问题和方法
4 测序
4.1 引言
4.2 重叠、排列和共有序列
4.3 双管鸟枪测序
4.4 若干其他的问题和方法
5 DNA阵列
5.1 引言
5.2 杂交测序
5.3 SBH和最短超字符串问题
5.4 SBH和欧拉路问题
5.5 惟一序列重构的概率
5.6 字符串重排
5.7 2-最优欧拉圈
5.8 杂交法定位测序
5.9 DNA阵列的设计
5.10 DNA阵列的分辨率
5.11 多探针阵列与均匀阵列的比较
5.12 DNA阵列的制造
5.13 若干其他问题和方法
6 序列比较
6.1 引言
6.2 最长共同子序列问题
6.3 序列联配
6.4 局部序列联配
6.5 有缺口罚分的联配
6.6 空间效率高的序列联配
6.7 杨氏表
6.8 最长区同子序列的平均长度
6.9 广义序列联配和对偶性
6.10 序列比较的原始对偶方法
6.11 序列联配和整数规划
6.12 近似字符串匹配
6.13 依靠数据库的序列比较
6.14 多重过滤
6.15 若干其他的问题和方法
7 多重联配
7.1 引言
7.2 计算多重联配的得分
7.3 装配成对联配
7.4 多重联配的近似算法
7.5 装配ι-路联配
7.6 点阵和图像重构
7.7 点阵相乖的多重联配
7.8 若干其他的问题和方法
8 发现DNA中的信号
8.1 引言
8.2 Eegar Allan Poe 和DNA语言学
8.3 适合傻子的最好的赌博
8.4 Conway等式
8.5 DNA中的频繁词
8.6 共有词的分析
8.7 CG岛和“公平赌场”
8.8 隐马氏模型
8.9 Elkhorn赌场和隐马氏模型参数估计
8.10 剖面隐马氏模型联配
8.11 吉布斯抽样
8.12 若干其他的问题和方法
9 基因预测
9.1 引言
9.2 基因预测的统计学方法
9.3 基于相似性的基因预测方法
9.4 剪接联配
9.5 反向基因搜索和cDNA中外显子定位
9.6 关于基因的多次提问策略
9.7 可变剪接与癌症
9.8 若干其他的问题和方法
10 基因组重排
10.1 引言
10.2 断点图
10.3 难以排序的排列
10.4 期望的反序距离
10.5 有符号排列
10.6 交叉图和障碍
10.7 排列和等价变换
10.8 搜索安全反序
10.9 清除障碍
10.10 反序距离的对偶定理
10.11 反序排序算法
10.12 人基因组变换成老鼠基因组
10.13 加帽染色体
10.14 帽子和尾部
10.15 基因组距离的对偶定理
10.16 基因组重复
10.17 若干其他的问题和方法
11 计算蛋白质组学
11.1 引言
11.2 肽测序问题
11.3 谱图
11.4 学习离子类型
11.5 给谱图中的路径打分
11.6 肽测序与反对称路径
11.7 肽鉴定问题
11.8 谱的卷积
11.9 谱联配
11.10 依靠谱联配肽
11.11 若干其他的问题和方法
12 问题
12.1 引言
12.2 限制酶切作图
12.3 图谱装配
12.4 测序
12.5 DNA阵列
12.6 序列比较
12.7 多重联配
12.8 探测DNA中的信号
12.9 基因预测
12.10 基因组组重排
12.11 计算蛋白质组学
13 必须了解的分子生物学
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