本书的主要内容是研究生物序列(DNA、RNA或蛋白质序列)的突变与比对(alignment)的结构分析问题,其中包括生物序列突变的随机模型,突变与比对的结构模型,比对模型中的误差分析及它们的优化问题。本书试图对生物序列突变与比对的结构建立较为系统与完整的数学分析模型与方法,其中包括概率、统计与随机分析方法,生物序列突变与比对“模结构”的代数理论,及比对结果的图论分析方法,从而使这些分析与计算有一个较为系统与完整的理论体系。全书共三部分八章。第一部分介绍序列突变与比对的结构模型;第二部分介绍序列的比对算法与结构分析;第三部分是有关随机分析与图论的若干基本知识和一些数据与数学符号的说明。本书可作为有关专业的研究生教材,可供相关的教学与科研人员参考应用。