《日本沉没》故事围绕着日本列岛展开。小笠原群岛北部一座小岛一夜之间沉入海底。负责调查工作的地球物理学权威田所博士和深海潜水艇驾驶员小野寺俊夫潜入海底,在七千米深的日本海沟发现了大规模的异常现象。与此同时,日本列岛也接连发生新干线工程被迫停工、高速公路大桥垮塌等事故,各地火山活动频繁,地震不断。为此,日本政府秘密召开专家昕证会,田所博士在会上发出了日本即将沉没的警报。将信将疑的政府部门随即制订应对紧急状况的“D-1计划”,展开绝密调查。随着调查的深入以及“京都大地震”和“东京大地震”的发生,日本面临沉没的事实越来越明朗化,日本政府不得不在“D-1计划”的基础上制订了旨在拯救日本民族的“D-2计划”。当日本沉没的消息公开后,国际社会立即展开了声势浩大的救援行动,同时,打探日本沉没后远东局势的情报活动也开始了。日本列岛沉没了。流离失所的日本人开始了历史性的流浪生活。《日本沉没》适合科幻小说爱好者阅读。