计算机辅助药物分子设计

第一章 药物研究及计算机辅助药物分子设计 第一节 药物研究和开发的历史及现状 第二节 现代药物研究的四大技术支柱 第三节 计算机辅助药物分子设计第二章 计算机学中的最优化方法 第一节 引论 第二节 数值最优化方法 第三章 计算机化学中的非数值最优化方法 第一节 引论 第二节 模拟退火  第三节 遗传算法 第四节 神经网络 第四章 分子力场和力场参数化 第一节 分子力场和势函数形式 第二节 分子力场的分类 第三节 力场参数的拟合 第五章 构象分析方法 第一节 小分子的构象分析方法 第二节 蛋白质结构的预测 第六章 分子动力学 第一节 积分方法 第二节 初如化 第三节 粒子受力的求算 第四节 边界条件 第五节 非键相互作用能的处理 第六节 约束条件动力学 第七节 恒温和恒压分子动力学 第八节 分子动力学轨迹分析第七章 溶剂效应 第一节 显示溶剂模型 第二节 连续介质模型 第八章 结合自由能计算 第一节 引言 第二节 自由能微扰和热力学积分方法 第三节 基于主方程的自由能计算方法 第四节 基于经验议程的自由能预测 第五节 LIE方法第九章 定量构效关系方法研究 第一节 二维定量构效关系方法 第二节 建立定量构效关系模型的统计方法 第三节 三维定量构效关系方法 第四节 QSAR的应用 第十章 药效团模型方法 第一节 药效团模型的表达 第二节 药效团模型的识别 第三节 基于药效团模型的数据库搜索 第四节 药效团识别系统 第五节 药效团模型方法的应用第十一章 分子对接方法 第一节 分子对接的原理 第二节 几种有代表性的分子对接方法 第三节 虚拟筛选的策略 第四节 分子对接在药物设计中的应用 第十二章 从头设计方法 第一节 从头设计方法的分类 第二节 几种重要的从头设计方法 第三节 从头设计在药物开发中的应用第十三章 分子三维结构数据库和虚拟组合化学 第一节 三维结构数据库 第二节 分子结构的拓扑表和结构转化 第三节 数据库搜索技术 第四节 重要的三维结构搜索系统 第五节 计算组合化学方法第十四章 药代动力学特征和毒性的预测 第一节 药代动力学特征的预测 第二节 分子毒性的预测 第十五章 EGF-R和抑制剂间的相互作用模式的研究 第一节 酪氨酸蛋白激酶 第二节 苯胺喹唑啉类抑制剂的三维构效关系 第三节 EGF-R和喹唑啉类抑制剂结合模式的预测 第十六章 HIV-1蛋白酶抑制剂的设计 第一节 HIV-1病毒的结构和侵袭靶细胞的机制 第二节 基于HIV蛋白酶的抑制剂设计