基于WWW的生物信息学应用指南

第1章 引论
1.1 基因组／蛋白质组信息学
1.1.1 基因组信息学
1.1.2 蛋白质组信息学
1.2 互联网与生物信息学
1.2.1 互联网基础
1.2.2 生物信息学数据库
1.2.3 生物信息学软件
1.3 生物信息学门户网站
1.3.1 美国国立生物技术信息中心
1.3.2 欧洲生物信息研究所
1.3.3 瑞士蛋白质分析专家系统
1.3.4 北京大学生物信息中心
第2章 序列查询和递交
2.1 Entrez查询系统
2.1.1 简介
2.1.2 Entrez系统的基本查询功能
2.1.3 查询策略
2.2 LocusLink查询系统
2.3 SRS查询系统
2.4 序列信息递交
第3章 序列相似性搜索
3.1 概述
3.1.1 序列相似性与同源性
3.1.2 全局和局部序列比对
3.1.3 比对分数矩阵和空位罚分
3.1.4 比对算法
3.1.5 比对分数的统计学评价
3.2 序列相似性搜索
3.2.1 BLAST
3.2.2 Fasta
第4章 基因识别
4.1 基因组外显子预测
4.1.1 从头预测
4.1.2 相似性比较预测
4.2 基于EST的基因鉴定
第5章 多序列比对
5.1 ClustaIW
5.2 BOXSHADE
第6章 蛋白质基序和结构域识别
6.1 PROSITE patterns和PROSITE profile
6.2 Pfam和Prodom
6.3 SMART
6.4 Blocks和PRINTS
6.5 InterPro
第7章 进化树构建
7.1 PHYLIP软件包
7.2 ClustaIW程序
第8章 蛋白三维同源模型构建
第9章 基因数字化差异表达分析
第10章 核苷酸序列的一般分析
10.1 序列格式转换
10.2 互补和反向序列的转换
10.3 核苷酸序列统计
10.4 序列注释
10.5 序列翻译与ORF预测
10.5.1 EBI的Transeq
10.5.2 ExPASy的Translatetool
10.5.3 0RF识别
10.6 限制性酶切分析
10.7 质粒作图
10.8 引物设计
10.8.1 通用引物在线设计程序Primer3
10.8.2 简并引物在线设计程序GeneFisher
第11章 蛋白序列的其他特征分析
11.1 氨基酸基本理化特性分析
11.2 蛋白的亚细胞定位
11.3 膜蛋白跨膜区预测
11.4 蛋白序列二级结构预测
11.4.1 JPred预测服务器
11.4.2 PredictProtein预测服务器
第12章 整合的序列分析
第13间 蛋白质组信息学