小说中的“我”是帕多巴尔镇上的一个小男孩,名叫斯达宾斯。为了救一只受伤的松鼠,“我”认识了杜利特医生,并且成了他的助手。医生为了研究动物语言决定再次航海,我们去找朋友卢克帮忙,却发现卢克受人陷害而被捕。医生让卢克的狗出庭作证,帮卢克洗清了罪名。我们以一座漂流的浮岛“蜘蛛猴岛”为目的地,开始了航行。一路上的经历惊险而又奇特:先是不断发现偷渡客,又在西班牙大闹斗牛场,后来碰上了大风暴,在海豚等动物的帮助下终于登上了蜘蛛猴岛。到了岛上以后,“我们”发现了珍稀甲壳虫“扎比子”,并救出了印第安博物学家朗·阿罗。后来医生帮岛上的人生火,让两个部落实现了和平,结果医生被推选为国王。最后,医生一行人坐在一只巨海蜗牛的贝壳里,从海底回到了帕多巴尔。