立志成为世界第一的神奇宝贝训练师的少年小智,从大木博士那里得到第一个神奇宝贝皮卡丘之后,随即开始修业旅行。不过这个皮卡丘非常讨厌狭窄的地方,是一个与众不同的神奇宝贝。它的性格很害羞、怕生,刚开始小智只有被电击的份,但在旅行的过程中,渐渐地它也和小智建立起默契了。小智和旅途中结识的小霞和小刚一同探访各地的训练馆,陆陆续续获得巴大蝴、比比鸟、妙蛙种子、小火龙等神奇宝贝。不过,小智一行人却被跟踪。火箭队的三人组认为小智的皮卡丘不是普通的神奇宝贝,而企图占为已有,但是和皮卡丘默契渐佳的小智,对火箭队的搅局丝毫不在意,继续追寻着神奇宝贝训练师的梦想,活力十足的迈向旅途……