1912年，中华民国南京临时政府成立，伍廷芳被任命为司法总长。他提倡三权分立、司法独立的共和原则，也主张政党的自由建立与公开活动。1912年前后，国内政治生活相当活跃，各种政党相继建立，伍廷芳参加和列名的党派有十余个。这些党派的章程、条规，虽不完全出之于伍之手，但与他的政治主张是一致的。1912年4月，袁世凯上台执政，伍廷芳就隐退。袁曾以高等顾问相聘，后又授与他“勋一位”，以表彰建立共和国的功绩，均予以谢绝。此后的五年中，他专心著书立说，而未任公职。在一些短文中，强调法律以及立法、执法的重要。他在《法国宪政通诠序》中说，自有古代雅典政治家梭伦的立法，而雅典称霸；自有吕库尔斯立法，而斯巴达克强大；自有十二铜表法而罗马之民政兴；自由大宪章颁布，而英国的基础巩固。法国为共和先进国，宪纲、政治无与伦比。拿破仑法典成立，而私法开一新纪元；宪法公布，而公法开一新纪元。法国自五法颁布后，日进月新，民富国强。所以，“国家之强弱，全视乎法制之精神”。为此，我国人民应在这方面心响力攻，要与法兰西同上20世纪“新舞台”。又在《美国在新中国的机遇》中说，我们要起草制定新的民法、商法和刑法。这些法律将得到国民会议的审核和批准，随即付诸实施，以后还要提交制宪会议修订。我们已经有了一部《临时约法》，国民大会还将制定一部新宪法，并选举总统和其他官员，大会也要通过新的法律。同时，谈到了司法与执法的方面，他希望建立最高法院，它将具有与美国最高法院相类似的权力，各省要建立高等法院。而且在审理案件时，要实行陪审员制度和废除刑讯制度，以及改革处罚方式。即“有效地取消在审讯中各种形式的严刑拷打，对判处死刑的犯人将只实行绞刑和电刑。对审判有罪的少数罪犯将课以罚款，或剥夺自由，或二者兼施”。也就是说，审讯不准严刑拷打，有罪惩治实行罚款或自由刑。这些都是与封建旧法不同的新的司法制度。他在一些专著中，具体叙述了中国应实行怎样的民主共和制度，以及努力介绍、参考外国的民主、自由、平等。而《中华民国图治刍议》一书，尤应值得注意。他批驳了清朝遗老旧臣的“民国不如大清”的谬论；论述了“中国改共和之原理”、“民国应用何等法治”、“司法之独立”、“司法之关系”；以及如何改进教育、财政、钱法、司法、用人、考试、监察、外交、宗教、婚姻等要求与思想。还对言论、平权、自由等问题，作了专门的议论。最后，对中华民国的发展与前途充满信心，有“复辟谬说扰害共和”，“民国图治终睹成绩”等说法。在《美国视察记》中，介绍了美国的兴起，美国的政府，中央与地方的制度，美国与中国的关系，美国的商业、教育、礼仪与文化艺术，以及美国的自由平等。也有介绍中国文化及中西文化比较，主要是向往美国的民主共和。（四）反对复辟帝制，捍卫《临时约法》1916年初，袁世凯称帝。伍廷芳坚决反对，指出给袁歌功颂德，并要他为帝的劝进团、请愿团绝不代表民意。为袁出谋策划的筹安会，图谋恢复帝制，“国民皆不以为然”。1916年3月22日，袁世凯在全国人民反对声中被迫取消帝制，但仍要当总统。伍立即通电反对，提出了袁不能再当总统的十点理由。要求袁回乡休养或出国考察，现在决不能再参与政治。袁帝制废除后，当时应以何法来治国理民，很有争论。有的要用民国三年袁世凯操纵下制定的《中华民国约法》，有的要用《中华民国临时约法》。伍廷芳就提出复行民国元年的《中华民国临时约法》，而反对《中华民国约法》。他说，民国成立之初，百事未备，当时设立临时政府于南京，制订元年《约法》，这是开国的基础。而民国三年的《中华民国约法》是否合例，必须查明由何人用何方式组织！当时，北京政府成立，各省选举议员组织参、众两议院。不久，将国会议员一律遣散，两院从此关闭。所以是不照例而行，仅召集约法会议增修约法，竟于民国三年五月一日，由元首公布施行。又这个约法会议共60人，表面上似代表各省，其实十之七八，都是政府官吏。在共和国里进行这样的立法，是过去所没有的，故为天下所讪笑，即使在君主立宪国也未见到过。所以，此等约法不能视为国法，毫无意义。因此他要求北洋政府不能承认民国三年的《中华民国约法》，而应恢复民国元年的《临时约法》，所谓以愚见所及，可请政府宣布命令：“查三年约法非照共和国普通法组织，不能公认，因特规复元年约法。”P56-57
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