南京城共开十三座门,由于城池形状不规则,城门朝向也各异。从东按顺时针算起,各门各称依次为:朝阳、正阳、通济、聚宝、三山、石城、清凉、定淮、仪凤、钟阜、金川、神策、太平,各门皆设城楼。为维持城内水系与城外水系的流通,在城墙东西两侧各设一道水关,派军卒在此守卫,以策安全。神策门筑有突出城外的外瓮城;通济、聚宝、三山、石城等门筑有深入城内的内瓮城;其余各门虽未建瓮城,但可以利用城门附近的弯曲城墙和地形,组织侧射火力来掩护城门。正南方聚宝门(今中华门)的内瓮城规模最大,其平面呈“目”字形,由一道主城墙和三道横向城墙连结而成,设有四道城门;在墙体和登城马道基座内建有可以埋伏兵员的藏兵洞。类似这样的藏兵设置全城还有二百个,称之“窝铺”,可以掩护万余兵员以及储藏兵器、粮草等。由此可以看出朱元璋的良苦用心,如果不是他这种亲自带兵南征北战的人,很难想出如此实用的筑域措施。