R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用

前言
上篇　R语言
第1章　R语言简介
1.1平台
1.2R语言的发展简史
1.3R语言和统计学
1.4运行R语言的环境及安装
1.5交互式使用R语言
第2章　R语言的基本数据结构
2.1向量的赋值
2.2向量的基本运算
2.3构造向量
2.4逻辑向量
2.5字符向量
2.6复数向量
2.7获取向量子集和修正向量子集
2.8常量
第3章　R语言对象
3.1对象的基本属性
3.2改变对象的长度
3.3获取对象的属性
3.4获取对象类
第4章　分组因子
4.1分组因子
4.2聚集计算
4.3排序
第5章　数组和矩阵
5.1定义数组
5.2数组子集操作
5.3构造数组
5.4数组计算
5.5矩阵
5.6数组矩阵合并
5.7定义数组的操作
第6章　数据列表和数据单
6.1数据列表
6.2构造数据列表
6.3数据列表操作
6.4数据单
第7章　导入导出数据
7.1高级函数
7.2低级函数
7.3命令台输入输出以及格式化
7.4使用R语言内含的数据集
第8章　组合表达式和控制语句
8.1组合表达式
8.2控制语句
第9章　函数
9.1排序的例子
9.2定义新的操作符
9.3参数名和参数缺省定义
9.4形式的参数(虚参)
9.5函数和变量的作用范围
9.6类、通用函数和面向对象
9.7调试
9.8操作符号的优先级
第10章　包
10.1标准包
10.2扩展包和CRAN
10.3包命名空间
10.4R语言中常用的包
第11章　R语言中的统计
11.1R语言中的概率分布
11.2从离散数据集分析概率分布特性
11.3回归分析
第12章　图形函数
12.1高级图形命令
12.2低级图形函数
12.3与图形进行交互
12.4利用图形参数
12.5图形参数列表
12.6设备驱动
12.7动态图形
下篇　Biocomluctor及其应用
第13章　Bioconductm与DNA微阵列数据处理
13.1Bioconductor简介
13.2DNA微阵列
13.3微阵列数据处理与分析
13.4Bioconductor开发背景
13.5Bioconductor各种包的分类介绍
第14章　Bioconductm的使用
14.1Bioconductor的获取和安装
14.2Biocondtlctor一陕速入门
14.3Bioconductor应用实例
第15章　数据库访问
15.1Rdbi软件包
15.2RdbiPgSQL软件包
15.3SAGElyzer软件包
第16章　图形及用户接口
16.1widget，Tools包
16.2tkWidgets包
16.3geneplotter包
16.4hexbin包
16.5limmaGUI包
16.6affylmGUI包
16.7webbioc包
第17章　图结构
17.1graph包
17.2RGBL包
17.3Rgraphviz包
17.4SNAData数据包
第18章　通用工具
18.1reposTools包
18.2Biobase包
18.3Biostrings包
18.4DynDoc包
18.5Ruuid包
18.6ctc包
18.7convert包
18.8icens包
18.9exprExternal和externalVector软件包
第19章　注释
19.1annotate包
19.2AnnBuilder包
19.3Resourcer包
19.4SNPtools包
19.5Data packages包
第20章　基因本体学
20.1goTools包
20.2ontoTools包
20.3Gostats包
第21章　微阵列数据预处理
21.1affy包
21.2affycomp包
21.3affydata包
21.4affypdnn包
21.5affyPLM包
21.6gcrma包
21.7makecdfenv包
21.8annaffy包
21.9marray包
21.10matchprobes包
21.11vsn包
第22章　数据分析
22.1daMA包
22.2edd包
22.3factDesign包
22.4genefilter包
22.5globaltest包
22.6gpls包
22.7multtest包
22.8pamr包
22.9MeasurementErfor.cor包
22.10limma包
22.11ROC包
22.12siggenes包
22.13splicegear包
22.14RMAGEML包
第23章　微阵列比较基因组杂交
23.1aCGH包
23.2DNAcopy包
第24章　蛋白质组学
24.1PROcess包
24.2gpls包
24.3apComplex包
主要参考文献
附录　R语言常用功能一览表