20世纪90年代后半期，我国教育投入大幅增长，支持了教育事业的快速发展。教育财政体制改革稳步推进，为建立具有中国特色的教育财政体制进行了积极探索，建立和完善了各级学校收费制度，形成了贫困学生资助制度的雏形。虽然我国教育发展和教育财政改革取得了重大成就，但教育财政还面临着严重的问题。教育经费总量不足，特别是义务教育经费缺口巨大。教育机会不均等加剧，如地区、城乡间义务教育财政资源严重不均等，基础教育阶段公立学校择校导致同一地区居民间教育机会的不均等，地之间高等教育机会不均等。在教育经费严重不足的同时，教育资源利用效率低下的问题依然存在。贫困地区义务教育阶段的辍学率很高，教学质量低下；高校扩招将使高等学校毕业生就业形势更加严峻。为了解决我国教育财政面临的问题，需要在发展中继续改革和完善教育财政体制。要制定、完善和严格执行教育财政法规，建立加大中央和省级政府责任的义务教育财政转移支付制度，建立公平的公立学校资源分配制度，完善贫困学生的资助制度，形成适合我国国情的高等教育财政模式。
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