分子生物学软件应用

第一部分 核酸序列分析
　1 序列检索与格式转换
　　1.1 序列检索
　　1.2 序列格式简介
　　1.3 格式转换
　2 一级结构分析
　　2.1 组成成分分析
　　2.2 重复序列
　　2.3 序列变换
　3 克隆
　　3.1 酶切位点查找
　　3.2 模拟电泳
　　3.3 电泳图像分析
　　3.4 质粒绘图
　　3.5 克隆策略与过程显示
　4 引物设计
　　4.1 引物设计的基本原则
　　4.2 引物设计与分析
　　4.3 高通量引物与探针设计
　5 测序拼装
　　5.1 测序图分析
　　5.2 测序拼装
　6 DNA功能分析
　　6.1 ORF查找与翻译
　　6.2 Motif查找
　7 RNA二级结构预测
　　7.1 RNAstructure
　　7.2 RNAdraw
　　7.3 DNAstar
第二部分 蛋白质序列分析
1 理化性质分析
1.1 蛋白酶酶切特性
　　1.2 滴定曲线与等电点
　　1.3 亲水性和疏水性
　　1.4 电荷密度
　2 二级结构预测
　　2.1 DNAstar
　　2.2 Vector NTI Advance
　　2.3 ANTHEPROT
　3 其他特殊局部结构分析
　　3.1 膜蛋白的跨膜螺旋
　　3.2 信号肽
　　3.3 卷曲螺旋
　　3.4 抗原决定簇
　4 三维分子显示
　　4.1 RasMol
　　4.2 Vector NTI Advance
　　4.3 Cn3D
第三部分 序列比对及进化树
　1 BLAST
　　1.1 BLAST简介
　　1.2 BLAST、实践
　　1.3 BLAST、高级选项
　2 本地BLAKI
　3 多序列之间的两两比对与进化树分析
　　3.1 C1ustalX
　　3.2 DNAstar
　　3.3 Vector NTI Advance
　　3.4 PLYLIP
第四部分 文献管理与引用
　1 文献管理
　　1.1 Reference Manager
　　1.2 EndINote
　　1.3 NoteExpress
　　1.4全文查找
　2 在Word中引用文献
　　2.1 Reference Manager
　　2.2 EndNote
　　2.3 NoteExpress
附录1 软件简介
附录2 参考文献