微生物功能基因组学

第1章　基因组学
　1.1　引言
　1.2　定义和分类
　1.3　基因组学的历史回顾
　1.4　研究功能基因组学的挑战
　1.5　范围和一般方法
　1.6　微生物功能基因组学在真核生物研究中的重要性
　1.7　总结
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第2章　微生物多样性与基因组学
　2.1　引言
　2.2　生物化学多样性
　2.3　基因多样性
　2.4　描述原核生物多样性的挑战
　2.5　微生物基因组多样性和全基因组测序
　2.6　总结
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第3章　计算基因组注释
　3.1　引言
　3.2　编码蛋白质基因的预测
　3.3　编码RNA基因的预测
　3.4　鉴定启动子
　3.5　操纵子的鉴定
　3.6　基因的功能类别
　3.7　基因组中其他性质的特性描述
　3.8　基因组尺度的基因作图
　3.9　现有的基因组注释系统
　3.10　总结
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第4章　微生物进化的基因组学
　4.1　引言
　4.2　直向进化同源基因的鉴定
　4.3　基因组中的分子钟
　4.4　水平基因转移的基因组
　4.5　基因重复、基因缺失和其他进化过程的基因组学
　4.6　系统进化树
　4.7　最小基因组
　4.8　基于生活方式进化的基因组学观点
　4.9　基因组学有关线粒体进化的观点
　4.10　总结
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第5章　基因功能预测的计算方法
　5.1　引言
　5.2　基因功能推断的方法
　5.3　从基因序列到功能
　5.4　序列基序的鉴定
　5.5　以结构为基础的功能预测
　5.6　非同源的方法进行功能推断
　5.7　在系统水平上的功能推断
　5.8　总结
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第6章　DNA微阵列技术
　6.1　引言
　6.2　微阵列的种类和优点
　6.3　微阵列制造
　6.4　微阵列杂交和检测
　6.5　微阵列图像处理
　6.6　用微阵列技术去监测基因表达
　6.7　总结
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第7章　微阵列基因表达谱数据分析
　7.1　引言
　7.2　微阵列基因表达数据的归一化
　7.3　数据分析
　7.4　差异表达基因的识别
　7.5　共表达基因的识别
　7.6　基因表达数据分析在途径推理的应用
　7.7　总结
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第8章　诱变
　8.1　引言
　8.2　转座子诱变
　8.3　通过等位基因交换进行定向突变
　8.4　反义mRNA分子导致基因沉默
　8.5　总结
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第9章　质谱
　9.1　引言
　9.2　质谱的基本原理
　9.3　蛋白质和肽的质谱基础
　9.4　蛋白质和蛋白质组鉴定中的质谱
　9.5　总结
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第10章　蛋白质配体相互作用的鉴定
　10.1　引言
　10.2　可读框的高通量克隆
　10.3　酵母双杂交选择系统
　10.4　使用噬菌体展示来检测蛋白质配体的相互作用
　10.5　在蛋白片段互补实验中检测相互作用
　10.6　利用质谱仪研究蛋白质蛋白相互作用的图谱
　10.7　蛋白表达谱以及相互作用中的蛋白质阵列
　10.8　表面细胞质基因组共振生物传感器分析
　10.9　总结
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第11章　模式生物的功能基因组学：从新的视角看老问题
　11.1　引言
　11.2　大肠杆菌：模式真细菌
　11.3　枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）：革兰阳性菌的典范
　11.4　酿酒酵母：高等真核生物的模型
　11.5　模式真核生物的比较基因组学
　11.6　总结
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第12章　病原菌与环境中重要微生物的功能基因组分析
　12.1　引言
　12.2　通过基因组序列与功能注释研究细菌的致病机理
　12.3　比较基因组学：研究细菌致病性的线索
　12.4　用信号物标记突变来发现新的感染相关基因
　12.5　应用微阵列描绘基因的功能和相互作用
　12.6　病原菌的蛋白质组学
　12.7　环境中重要微生物的基因组测序以及功能分析
　12.8　总结
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第13章　基因组学对抗菌药物发现及毒理学的影响
　13.1　引言
　13.2　抗生素药物的发现：历史回顾
　13.3　新药开发所遇到的挑战
　13.4　微生物基因组学和药物靶点的筛选
　13.5　确定治疗用途：药物靶点筛选和验证
　13.6　基因组学和毒理学：毒物基因组学的产生
　13.7　总结
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第14章　微阵列基因组技术在突变分析和微生物检测中的应用
　14.1　引言
　14.2　寡核苷酸微阵列用于突变分析
　14.3　微阵列用于自然环境中微生物的检测
　14.4　总结
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第15章　展望未来：基因组学将超越单细胞学
　15.1　引言
　15.2　微生物学的信息基础：基因组序列
　15.3　基因功能和表达调控网络
　15.4　生态学和进化
　15.5　系统水平理解微生物群落动力学
　15.6　总结
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