内蒙古大学蒙古史研究主要由以下二个研究领域构成，其中有些领域的研究已经居于世界领先水平：第一，古代蒙古史及其文献研究。本研究领域人员主要从事蒙古帝国史、元史、15至18世纪蒙古史、蒙古历史地理以及有关蒙占的文书档案史料研究和文献史料整理研究。本领域成员着力于研究蒙元时期的政治制度、部族、部落和封建领地；15至17世纪东、西蒙古政局与部落，16至17世纪喀尔喀史，17世纪漠南蒙古诸部史；清代蒙古史；内蒙古历史地理；17世纪蒙古文书和满文档册、明末兵部汉文档案、清代内阁蒙古堂档和他满汉蒙藏文各类档案。已使本领域在15至18世纪蒙古史研究处于世界领先水平。目前，该研究领域人员在喀尔喀史、蒙古六万户的变迁、漠南蒙古诸部史、蒙藏关系史等领域里取得了重大进展。第二，内蒙古近现代史研究。本领域主要研究近代（1840年至1949年）和现当代（1949年至今）内蒙古地区以蒙古族为主的各民族历史。研究内容主要涵盖近代内蒙古政治变迁史、蒙古民族运动史、人民革命斗争史、内蒙古各行各业开发与社会经济发展史、外国侵略史、内蒙古自治区政治体制和方针政策演变（即民主改革、社会主义革命和新时期改革开放）、内蒙古经济文化各方面建设与成就以及蒙古族和其他少数民族的发展繁荣等。第三，北方民族史与民族关系史研究。该研究领域包括秦汉至元代的中国古代北方民族史和民族关系史，元、明、清时期的蒙、汉、回、满、藏各民族关系史。本学科前辈学者在匈奴史、东胡史、突厥史以及蒙古族族源等领域取得了丰硕成果，有《匈奴通史》（林干）、《东胡史》（林干）、《原蒙古人的历史——宅韦-鞑靼研究》（张久和）、《和硕特蒙古史纲要》（乌云毕力格）等颇具影响和学术价值的专著和“中国北方民族与蒙古族族源”（亦邻真）、“关于内蒙古历史的若干问题，（亦邻真）等具有很高理论水平的学术论文。近年来，发表了有关满蒙、明蒙关系的论著多篇，主持了题为《蒙古史史料与满蒙关系研究》（齐木德道尔吉）和《17—18世纪西藏、卫拉特与清朝关系研究》（乌云毕力格）等专门研究民族关系的科研项目，发表了有关17世纪满蒙、蒙藏关系的具有重要影响的一系列学术论文。在明代蒙汉关系研究方面，王雄等人取得了显著的成果。
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