分子生物学与基因组学

引言
第一版前言
致谢
1 什么是分子生物学？
　1.1 分子生物学基础知识：让初学者认识分子世界
　1.2 分子生物学基本要求
　1.3 实验室安全
2 基本方法介绍
　2.1 核酸的差异
　2.2 核酸沉淀浓缩
　　2.2.1 乙醇沉淀法
　　2.2.2 浓缩装置
　　2.2.3 冷冻干燥
　　2.2.4 盐析
　2.3 核酸纯化
　　2.3.1 酚氯仿抽提纯化法
　　2.3.2 聚乙二醇沉淀法
　　2.3.3 蛋白结合滤膜纯化法
　　2.3.4 阴离子交换柱纯化法
　　2.3.5 玻璃乳纯化法
　　2.3.6 氯化铯密度梯度离心法
　　2.3.7 透析法
　2.4 核酸浓度测定
　　2.4.1 分光光度计法
　　2.4.2 琼脂糖凝胶电泳法
　　2.4.3 点量化法
　　2.4.4 荧光定量法
　　2.4.5 核酸检测计法
　　2.4.6 酶标志法
　2.5 DNA制备方法
　　2.5.1 质粒DNA的小量制备
　　2.5.2 质粒DNA的大量制备
　　2.5.3 细菌培养基
　　2.5.4 噬菌体DNA的制备
　　2.5.5 利用辅助噬茵体制备单链DNA
　　2.5.6 基因组DNA制备
3 分子生物学工具
　3.1 限制性酶
　　3.1.1 命名法
　　3.1.2 活性测定
　　3.1.3 限制性酶切反应
　　3.1.4 限制性酶切难点
　　3.1.5 限制性酶切指南
　3.2 凝胶
　　3.2.1 琼脂糖凝胶
　　3.2.2 琼脂糖凝胶中的DNA片段回收
　　3.2.3 聚丙烯酰胺凝胶
　　3.2.4 聚丙烯酰胺凝胶中的DNA片段回收
　　3.2.5 脉冲场凝胶电泳
　　3.2.6 毛细管电泳
　3.3 印迹法
　　3.3.1 Sotlthern印迹法
　　3.3.2 Northern印迹法
　　3.3.3 点印迹法和缝印迹法
4 聚合酶链式反应
　4.1 标准聚合酶链式反应
　4.2 改进的聚合酶链式反应
　　4.2.1 巢式聚合酶链式反应
　　4.2.2 多重聚合酶链反应
　　4.2.3 长片段聚合酶链反应
　4.3 聚合酶链式反应的应用
　　4.3.1 反转录聚合酶链式反应
　　4.3.2 cDNA末端的快速扩增
　　4.3.3 相同产物扩增
　　4.3.4 经典定量聚合酶链式反应
　　4.3.5 实时定量聚合酶链式反应
　　4.3.6 反向聚合酶链式反应
　　4.3.7 Biotin?RAGE聚合酶链式反应
　　4.3.8 改良引物诱变
　　4.3.9 扩增阻滞突变系统
　　4.3.10 原位聚合酶链式反应
　　4.3.11 循环测序
　　4.3.12 cDNA合成
　　4.3.13 单细胞聚合酶链式反应
5 RNA
　5.1 RNA酶灭活
　5.2 RNA提取方法
　　5.2.1 一步法
　　5.2.2 乙基苯基聚乙二醇裂解法
　　5.2.3 基本信息
　　5.2.4 RNA浓度测定
　5.3 mRNA分离方法
　　5.3.1 购买RNA
　5.4 逆转录：cDNA合成
　5.5 体外转录：RNA合成
　5.6 RNA干扰
6 克隆DNA片段
　6.1 克隆的基本要素
　　6.1.1 载体
　　6.1.2 DNA片段
　　6.1.3 补平反应
　　6.1.4 DNA定量
　　6.1.5 连接
　　6.1.6 克隆PCR产物
　　6.1.7 用重组酶体系克隆
　6.2 选择克隆载体
　　6.2.1 质粒
　　6.2.2 噬菌体
　　6.2.3 柯斯质粒
　　6.2.4 P1人工染色体及细菌人工染色体
　　6.2.5 酵母人工染色体
　6.3 选择细菌
　6.4 制备感受态细胞与转化
　　6.4.1 氯化钙法
　　6.4.2 氯化铷法
　　6.4.3 TSS法
　　6.4.4 电转
　　6.4.5 效价检测
　6.5 克隆的相关问题
　6.6 克隆的保存
7 杂交：如何检测到DNA
　7.1 制备探针
　　7.1.1 制备标记探针的方法
　7.2 杂交
　　7.2.1 杂交缓冲液
　　7.2.2 杂交反应体系
　　7.2.3 杂交温度
　　7.2.4 洗涤
　7.3 标记DNA的验证
　　7.3.1 放射自显影技术
　　7.3.2 非放射性检测方法
　7.4 重组DNA库的筛选
　　7.4.1 DNA库板的制备
　　7.4.2 膜的转移
　　7.4.3 膜的杂交
　　7.4.4 膜的曝光
　　7.4.5 克隆探测
　　7.4.6 今后对库的筛选
　7.5 双杂交系统
8 DNA分析
　8.1 测序
　　8.1.1 放射性测序
　　8.1.2 非放射性测序与自动测序单位
　　8.1.3 袖珍型测序
　　8.1.4 焦磷酸测序法
　　8.1.5 测序特性：八聚体
　8.2 分析DNA突变的方法
　　8.2.1 限制性片段长度多态性
　　8.2.2 单链构象多态性
　　8.2.3 变性梯度凝胶电泳
　　8.2.4 时相温度梯度电泳
　　8.2.5 异源双链核酸分析
　　8.2.6 扩增阻滞突变系统
　　8.2.7 错配酶切
　　8.2.8 截断蛋白检测
9 DNA序列功能的研究
　9.1 组织内转录研究
　　9.1.1 核糖核酸酶保护实验
　　9.1.2 实时定量PCR实验
　　9.1.3 原位杂交
　　9.1.4 染色体荧光原位杂交
　　9.1.5 原位聚合酶链式反应
　　9.1.6 微阵列
　9.2 突变
　9.3 体外翻译
　9.4 表达系统
　　9.4.1 细菌表达系统
　　9.4.2 杆状病毒表达系统
　　9.4.3 其他表达系统
　　9.4.4 哺乳动物细胞中的异源表达系统
　　9.4.5 转染方法
　　9.4.6 多基因共转染
　　9.4.7 瞬时和稳定转染
　　9.4.8 报告基因
　9.5 转基因小鼠
　　9.5.1 转基因方法
　9.6 转基因表达调控
　　9.6.1 四环素基因表达调控系统
　　9.6.2 蜕皮素基因表达调控系统
　9.7 基因治疗
　9.8 基因组学
10 计算机应用
　10.1 重要事项
　10.2 实践中存在的问题
11 职业生涯规划建议：针对青年研究者的马基雅维利短期课程
12 结束语
附录1
图标
标准溶液和细菌培养基
　溶液
　细菌培养基
术语表
附录2
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