《暗穴》讲述的是江京第二医科大学的两名大学生被以解剖的手法残酷杀害,受害者之一黄诗怡的男友关键成为警方的重点怀疑人。有异能的关键预见了两起凶杀案的受害者,却因为时空阻隔,无法阻止死亡的发生,同时,他能感受到被害者承受的肉体疼痛。一个日本医学科学交流小组找到关键,希望对关键的特异功能进行研究,同时提出愿意帮助关键调查黄诗怡被害的真相。小组来江京的真正意义是要调查五年前的一起艺术品劫杀案,领队山下雄治正是劫杀案受害者、著名陶瓷艺术家山下雅广的独子。黄诗怡的父亲黄冠雄,做为山下雅广的保镖,也在那场劫杀案中遇难,却被怀疑为监守自盗。关键与实验小组的翻译安崎佐智子一起,从山下雅广的生平着手调查,发现了半个多世纪前山下雅广和中日混血少女何玲子的一段凄绝恋情:热恋中的何玲子突然不告而别,回中国参加了地下抗日活动。山下雅广伤心之余,成为了日本秘密细菌战的一名重要军医,掌握了精湛的解剖刀法。不料,在做为试验基地的地下魔窟中,山下雅广却在送来做人体试验的人群中发现了何玲子……实验小组的课题进行中,不断又有人被以解剖手法杀害。实验中,关键更是“预见”到,身边所有人,包括他自己,都难逃一死。当关键和实验小组所有成员终于找到并陷入那个日军入侵后留下的地下魔窟遗址时,残暴的凶手从黑暗中出现,开始了最后的疯狂杀戮……