分子模拟的理论与实践

第1章　分子模拟的概况
　参考文献
第2章　力场
　2.1 力场简述
　2.2 力场作用项的一般式
　2.3 常见的力场
　　2.3.1 MM形态力场
　　2.3.2 AMBER力场
　　2.3.3 CHARMM力场
　　2.3.4 CVFF力场
　　2.3.5 第二代力场
　2.4 涵盖周期表元素的力场
　2.5 特殊的力场
　参考文献
第3章　能量最小化
　3.1 势能图与势能面
　3.2 函数的极小值
　3.3 利用导数求极小值的方法
　3.4 一次导数求极值法
　　3.4.1 最速下降法
　　3.4.2 共轭梯度法
　3.5 二次导数求极值法
　　3.5.1 牛顿一拉森法
　　3.5.2 近似牛顿一拉森法
　　3.5.3 对角线块状牛顿一拉森法
　3.6 求分子最低能量构象方法的选择
　3.7 能量最小化的应用
　3.8 多原子分子振动频率的计算
　3.9 以能量最小化方法预测团簇体的大小
　参考文献
第4章　分子力学的应用
　4.1 分子结构与势能面
　4.2 势能面的最小值点、最大值点、鞍点
　4.3 势能面与化学反应
　　4.3.1 过渡态结构与反应路径
　　4.3.2 鞍点与二次区域
　　4.3.3 决定鞍点的方法
　4.4 分子力学计算的热力学性质
　　4.4.1 构象能
　　4.4.2 分子的生成焓
　　4.4.3 反应热与生成焓
　4.5 晶体结构的计算
　4.6 立体效应
　参考文献
第5章　分子动力模拟计算的原理
　5.1 分子动力计算的基本原理
　5.2 牛顿运动方程式的数值解法
　5.3 周期性边界条件与最近镜像
　5.4 积分步程的选取
　5.5 简化单位
　5.6 分子动力计算流程
　5.7 分子动力计算的初始设定
　5.8 定温计算法
　5.9 系统形状的改变计算
　5.10 各种系综的分子动力计算方法
参考文献
第6章　特殊形态的分子动力学
第7章　分子动力计算的应用
第8章　分子动力计算的应用实例
第9章　长程作用力的计算
第10章　蒙地卡罗计算方法
第11章　蒙地卡罗计算的应用
第12章　蒙地卡罗计算的实例
第13章　布朗动力计算方法
第14章　耗散粒子动力计算法
第15章　溶解自由能
第16章　生化分子系统的模拟
第17章　分子模拟与药物设计
附录A　经典运动力学
附录B　统计力学
附录C　天然存在的氨基酸的结构
索引