《海底两万里》故事开始于海上发现的一只被断定为独角鲸的大怪物,法国生物学者阿龙纳斯接受邀请参加追捕,在追捕过程中不幸落水,泅到怪物的脊背上。其实这怪物并非什么独角鲸,而是一艘构造奇妙的潜水艇。潜水艇是船长尼摩在大洋中的一座荒岛上秘密建造的。尼摩船长邀请阿龙纳斯作海底旅行。他们从太平洋出发,经过珊瑚岛、印度洋、红海、地中海,进入大西洋,看到许多罕见的海生动植物和水中的奇异景象,又经历了搁浅、土人围攻、同鲨鱼搏斗、冰山封路、章鱼袭击等许多惊险的状况。最后,当潜水艇到达挪威海岸时,阿龙纳斯不辞而别,把他所知道的海底秘密公布于世。书中塑造出一个带有浪漫、神秘色彩,非常吸引人的主人公——尼摩船长。尼摩船长根据自己的设计建造了潜水艇,潜航在海底进行大规模的科学研究,但这好像又不是他这种孤独生活的唯一目的。他躲避开他的敌人和迫害者,在海底探寻自由,又对自己孤独的生活感到深深的悲痛。这个神秘人物的谜底到了三部曲的第三部才被揭开。