本书收录上一年度全国公开发行的中医药学术期刊和全国性学术会议中发表与交流的优秀论文，经《中国中医药年鉴》（学术卷）编辑部学科编辑筛选论证，列出相关条目，由专业作者编写，学科编辑及主编初审、复审，《中国中医药年鉴》（学术卷）编委会审定后出版。2006年《中国中医药年鉴》（学术卷）由文字版（纸质）和光盘版两个部分组成。文字版设有特载、专论、校院长论坛、学术进展、索引等板块。根据21世纪中医药学术发展的方向和实际情况，对部分内容作了调整：除从2003年卷起增设校院长论坛、名医临证经验、中药营销和教学研究等4个栏目以及增加民族医药栏目概述外，将“中医药管理”栏目移至光盘版；内科栏目中的“男性科疾病”移至外科栏目；教学研究栏目扩展为“教学与科技研究”；记事栏目增加“动态消息”。
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