琪琪在学习新魔法的过程中终于明白妈妈制作喷嚏药的苦心完成更有趣的任务、认识不一样的朋友、学会新的魔法!下定决心成为魔女的琪琪,必须在她十三岁那一年,选择一个满月之夜,带着心爱的黑猫吉吉告别家乡与父母,到另一个没有魔女的城市展开修业之旅。只会骑乘扫帚飞翔的琪琪灵机一动,开了一家「魔女宅急便」,帮克里克城里的居民快递对象,并在那里认识了好心的面包店女主人索纳太太、热爱研究飞行的男孩蜻蜓等人。一年过去,返乡探望过父母的琪琪再次回到克里克城──魔女二年级生的修炼更加艰巨了,琪琪不但要应付雇主们的无理要求,还遇到调皮的捣蛋鬼搅局,甚至被认为是带来邪恶诅咒的可怕魔女……不过琪琪也慢慢发现,宅急便工作其实大有学问,她得更细腻的体会每个委托人的心情,才能做一个带给众人幸福的称职魔女。为了弥补能力上的不足,琪琪这回准备要来学习新的魔法啰,更具挑战性的魔女生涯即将展开!