比较基因组学手册：原理与方法

上篇基因组特性
第1章原核生物3
11引言3
12形态和分类9
13基因组的形状和大小12
14基因数目和组成方式15
15碱基组成19
16密码子的使用26
17复制和表达28
第2章真核生物34
21引言34
22真核生物的分类与时间尺度34
23基因组的形状和大小37
24碱基组分42
25复制、修复和重组44
26基因表达48
261转录与转录后调控48
262遗传密码和密码子的使用54
263翻译与翻译后修饰55
27完整测序的真核生物基因组58
271酿酒酵母基因组60
272粟酒裂殖酵母基因组63
273线虫基因组63
274黑腹果蝇基因组65
275拟南芥基因组67
276水稻基因组69
277人基因组70
第3章细胞器77
31线粒体77
311一般结构和功能77
312DNA与遗传系统79
313基因组的特征88
32叶绿体和其他质体114
中篇方法学
第4章基因组学中的分子生物学技术121
41基因组DNA测序121
411DNA测序技术121
412人类基因组计划124
42转录组分析125
421基因表达分析125
422表达序列标签126
423基因表达序列分析127
424差异显示129
425表现度示差分析130
426DNA微阵列131
43蛋白质组分析 137
431二维凝胶电泳137
432蛋白质鉴定139
433蛋白质DNA和蛋白质蛋白质相互作用的研究 141
434生物芯片法分析蛋白质组 143
第5章基因组时代的生物学数据库145
51引言145
52基础数据库和专业化的数据库145
53数据库结构148
54数据库链接与互通性150
55数据库注释151
56检索系统154
561SRS154
562Entrez155
563其他检索系统155
57核酸数据库155
58蛋白质数据库156
59其他蛋白质数据库156
510基因组数据库和资源159
511基因数据库与资源163
512转录组数据库164
513代谢组数据库165
514突变数据库167
515线粒体数据库和资源168
第6章基因组序列分析的计算方法171
61引言171
62点阵图172
63两序列比对175
631NeedlemanWunsch 全局比对算法175
632SmithWaterman算法176
633cDNA以及基因组DNA序列的比对179
634基因组比对179
635清除序列库中的冗余序列181
636同源序列相似度的计算185
64数据库搜索189
641FASTA190
642BLAST192
643BLAST和FASTA程序包198
644过滤不需要的序列匹配块200
645重复序列匹配的过滤201
646比对分值的统计学意义201
65多序列比对205
66可识别远源相关蛋白或蛋白质模块的比对谱209
67序列的组装方法213
671序列的净化213
672序列的聚类214
673构建一致序列215
674用电子PCR绘制序列图谱217
675基因组和EST项目的序列组装217
676构建用于基因索引的组装序列219
68生物序列的语言学分析222
681马尔可夫链式生物序列224
682生物序列语言的复杂度225
683基因组重复序列的识别228
684生物序列中的模式搜索229
685识别染色体序列中的启动子区域234
686发掘识别基因调控元件和蛋白质模块组件的模式237
687基因预测239
688基因组序列中CpG岛的识别243
689密码子使用策略分析244
69RNA二级结构预测245
610蛋白质序列分析252
6101蛋白质一级序列的分析253
6102预测跨膜蛋白螺旋258
6103蛋白质信号肽的识别及亚细胞定位的预测259
6104蛋白质二级结构的预测265
6105预测卷曲螺旋和螺旋转角螺旋结构270
6106蛋白质三级结构预测270
6107蛋白质折叠的识别与分类273
6108蛋白质功能预测的基因组比较工具273
611进化与系统发育分析274
6111同源序列间遗传距离的评价276
6112分子系统发育学278
下篇比较基因组学
第7章分子进化293
71引言293
72基因组尺寸的进化294
73碱基组分在进化中的作用297
74原核基因组的进化301
75从原核生物到真核生物302
751真核细胞的起源302
752线粒体基因组的进化304
753质体的起源与进化309
76从单细胞到多细胞312
77核基因组的进化312
771内含子313
772基因数目和蛋白质数目313
773非编码元件314
774基因家族的扩展315
775基因组倍增320
776结论321
第8章分子系统发育学322
81引言322
82分子钟322
83相似性测量：直系同源与旁系同源324
84基因组学时代的分子系统发育学326
85远源物种间的相互关系：进化树328
86后生动物的系统发育329
861细胞器分类学与核分类学329
862哺乳动物系统发育330
附录本书引用的URL333
参考文献335
索引384
译后记390
出版者的话
中篇方法学