明朝崇祯末年,南方政治中心南京尚在战乱之外,复社骨干人物侯方域心仪秦淮名妓李香君,并题诗宫扇赠予香君,遂有朋友杨龙友为其牵线,使二人结合。事后,发现侯方域所出之资,乃明末阉党馀孽阮大铖所助,李香君大怒,方域也受其激励而严加拒绝,于是复社与马士英、阮大铖等结仇更深。此时,武昌总兵左良玉被迫移兵就食南京,引起南都恐慌。侯方域因与左良玉为世交,乃修书劝阻。不意阮大铖竟诬方域内通左氏,迫使方域投奔在扬州督师之史可法。李自成陷京师,崇祯皇帝自尽,马士英、阮大铖力主迎立福王朱由崧,并因迎立之功而把持南明朝政,遂大肆逼害复社诸人,并强迫李香君作漕抚田仰之妾。香君不从,撞柱伤额,血染方域所赠宫扇。杨龙友怜之,采摘盆花,扭汁点染,遂成“桃花扇”,并由戏人苏昆生送于驻守黄河之侯方域。方域闻讯,恰值黄河失守,乃急急人南京寻找香君,不判香君已被选人宫中。侯也与吴应箕、陈贞慧等复社骨干人物被捕入狱。清兵南下,史可法抗击失败,见南明君臣已经弃城逃亡,乃自沉长江。方域、香君等也不约而同避难栖霞山。在白云庵相遇后,欲重续前缘,不料被道士张薇点破,并撕碎桃花扇,侯、李二人感悟,乃双双在山中修道。