质粒生物学

第1章 质粒简介：质粒研究史
1.1 遗传学时代
1.2 环状质粒DNA
1.3 质粒作为分子克隆载体：大胆的创新
1.4 质粒的自我复制过程
1.5 质粒的迁移性
1.6 质粒的稳定性
1.7 结论
参考文献
第2章 参与含有重复子质粒复制的元件
2.1 复制起始的基本元件
2.2 rep基因的表达和Rep蛋白的结构
2.3 调控模型
2.4 非重复子的Rep结合、辅助因子和它们的作用
2.5 ori激活的分子机制
2.6 质粒在细胞内的定位
2.7 结论：质粒DNA和在广范围环境中的复制
参考文献
第3章 反义RNA对质粒复制的调控作用
3.1 反义RNA介导的转录衰减：inc18和pT181家族
3.2 翻译水平的抑制
3.3 抑制引物的形成：ColE1复制子
3.4 抑制假结的形成：如IncI
参考文献
第4章 滚环复制
4.1 滚环复制质粒的结构
4.2 前导链复制的起始与终止
4.3 质粒sso在后随链复制中的作用
4.4 宿主蛋白在质粒滚环复制中的作用
4.5 展望
参考文献
第5章 细菌质粒的分配系统
5.1 普通的分配系统
5.2 质粒的细胞内定位
5.3 质粒分配系统的类型
5.4 P1和F质粒
5.5 RK2质粒
5.6 pTAR和TP228质粒
5.7 RepABC系统
5.8 R1质粒
5.9 其他分配系统
5.10 pSC10
5.11 具有多种分配系统的质粒
5.12 高拷贝数质粒
5.13 模型和问题
参考文献
第6章 遗传偏嗜性：基因在基因组中的共生原则
6.1 遗传偏嗜性的发现
6.2 遗传偏嗜性的类型
6.3 基因组学和遗传偏嗜性系统的发展
6.4 细胞杀死的机理
6.5 基因表达的调节
6.6 偏嗜性系统之间的相互作用
6.7 为什么会存在偏嗜性基因？
6.8 基因组与偏嗜性基因协同进化
6.9 其他遗传过程的推测
6.10 应用
6.11 结论
参考文献
第7章 DNA位点特异性分离系统
7.1 一切发生错误之时：DNA多聚体的形成和发生率
7.2 DNA位点特异性重组：染色体和质粒的分离
7.3 丝氨酸重组酶家族的位点特异性分离系统
7.4 酪氨酸重组酶家族的质粒和染色体分离系统
7.5 重组机制详述
7.6 结论
参考文献
第8章 质粒DNA的拓扑行为
8.1 环状DNA拓扑学
8.2 DNA拓扑酶
8.3 动力拓扑学平衡
8.4 超螺旋敏感DNA结构
8.5 体内限制与非限制的质粒拓扑学
8.6 大肠杆菌内由蛋白质限制的拓扑学
8.7 体内限制性和非限制性超螺旋变化
8.8 DNA复制：可逆的复制叉、前环连体和结
8.9 结论
参考文献
第9章 革兰阴性菌接合转移
9.1 质粒分类
9.2 染色体诱动
9.3 革兰阴性菌中的接合转移概述
9.4 接合转移生理学
9.5 菌毛的结构和装配
9.6 菌毛收缩和噬菌体感染
9.7 接合转移孔的结构
9.8 交配配对的形成
9.9 进入排斥或表面排斥
9.10 DNA的加工和转运
9.11 启动转移的“信号”的本质
9.12 可诱动质粒
9.13 受体细胞中质粒的建立
9.14 转移基因表达的调控
9.15 F转移基因的调控
9.16 RP4转移区的调节
9.17 结论
参考文献
第10章 革兰阳性菌的接合
10.1 不同种属的质粒系统
10.2 接合型转座子
10.3 转移起点和松弛酶
10.4 结论
参考文献
第11章 泛宿主性质粒在革兰阴性杆菌中的复制策略
11.1 复制体的组装
11.2 Rep蛋白和复制起始序列的通用性特征：IncP质粒家族
11.3 宿主范围受控于装配复制体所需要的编码蛋白：IncQ家族
11.4 自然发生的多复制子质粒
11.5 泛宿主性质粒的其他特征
11.6 通过对窄宿主性复制子的研究分析宿主范围决定子
11.7 结论
参考文献
第12章 根瘤菌科细菌的共生质粒
12.1 引言：结瘤和固氮
12.2 质粒和岛：根瘤菌科细菌共生基因的定位
12.3 共生质粒基因组成概况
12.4 pSym质粒的复制和分配特征
12.5 接合转移
12.6 pSym的动力学及其进化
12.7 展望
12.8 补遗
参考文献
第13章 细菌中的线性质粒：相同的起源，不同的命运
13.1 线性质粒和染色体的系统发生学分布
13.2 线性质粒的组成
13.3 细菌中线性质粒的结构
13.4 线性质粒的复制
13.5 线性质粒的分离系统
13.6 展望
参考文献
第14章 酿酒酵母的2靘质粒
14.1 自身携带和作为一般实验工具的酵母质粒
14.2 酵母质粒的高拷贝数和稳定遗传
14.3 质粒分配系统的分析
14.4 2靘质粒分离模型
14.5 2靘质粒的拷贝数控制
14.6 Flp重组机制
14.7 Flp的应用
14.8 2靘质粒分子自私性的环状设计：进化考虑
14.9 2靘质粒与衰老、寿命和程序化细胞死亡的关系
14.10 展望与前景
14.11 结论
14.12 补遗
参考文献
第15章 哺乳动物细胞内的病毒性质粒
15.1 EB病毒
15.2 乳头瘤病毒
15.3 结论
参考文献
第16章 降解质粒
16.1 TOL质粒
16.2 编码途径与TOL相关的质粒
16.3 携带氯苯邻二酚ortho裂解途径基因的质粒
16.4 洋葱伯克霍尔德菌AC1100的复制子
16.5 携带外周途径基因质粒的特征
16.6 降解质粒的进化
16.7 结论
参考文献
第17章 古细菌质粒
17.1 质粒分类
17.2 复制、分配和维持的机理
17.3 细胞内扩散机理
17.4 染色体整合
17.5 基于质粒的载体系统
17.6 结论
参考文献
第18章 毒力质粒的基因组规模分析：质粒上的毒力基因对于肠细菌致病性的作用
18.1 肠杆菌质粒的一般特性
18.2 大质粒的序列分析
18.3 质粒的维持功能：复制、分配和分离后杀死
18.4 质粒编码的毒力基因
参考文献
第19章 芽孢形成菌的毒性质粒
19.1 破伤风梭状芽孢杆菌和肉毒梭状芽孢杆菌的神经毒素质粒
19.2 产气荚膜梭状芽孢杆菌的毒素质粒
19.3 炭疽杆菌的毒素和荚膜质粒
19.4 苏云金芽孢杆菌的杀虫毒素质粒
19.5 结论
参考文献
第20章 耶尔森菌的毒力质粒：特性和比较
20.1 耶尔森菌的质粒和毒力
20.2 LCR质粒
20.3 鼠毒素质粒
20.4 鼠疫菌素质粒
20.5 抗性转移因子
20.6 pYC隐蔽型质粒
20.7 结论
参考文献
第21 章 不产芽孢的革兰阳性病原菌的毒力质粒
21.1 金黄色葡萄球菌的毒力质粒
21.2 粪肠球菌的毒力质粒
21.3 红球菌的毒力质粒
21.4 结论
参考文献
第22章 根瘤农杆菌Ti质粒
22.1 Ti质粒的序列
22.2 转移DNA
22.3 vir区域
22.4 VirAVirG双组分调控系统
22.5 界间转位过程中效应分子的加工
22.6 VirB/VirD4Ⅳ型分泌系统
22.7 底物转移和菌毛合成的中心结构
22.8 Ti质粒的接合
22.9 冠瘿碱的摄取及代谢
22.10 自诱导/细胞密度感应
22.11 Ti质粒的复制
22.12 Ti质粒及染色体功能的协同进化
22.13 展望
参考文献
第23章 抗药性质粒
23.1 质粒分类
23.2 质粒介导的抗药性机制
23.3 细菌病原体中抗生素抗性基因的进化和扩散
23.4 抗性质粒的全序列测定
参考文献
第24章 pJM1和pColVK30：含细菌毒力必需的铁摄取基因的质粒
24.1 鳗弧菌的pJM1系统
24.2 质粒介导的离子摄取系统的表达调控
24.3 pColVK30质粒介导的铁摄取系统
24.4 气杆菌素系统的分子流行病学
24.5 结论
参考文献
第25章 细菌质粒的进化和群体遗传学
25.1 作为完全自私元件的质粒
25.2 质粒给予宿主菌的好处
25.3 复杂和变化的群体有利于质粒的存在
25.4 产生多样性的重组过程
25.5 细胞内竞争
25.6 结论
参考文献
第26章 细菌的第二染色体和巨质粒
26.1 原核生物染色体
26.2 第二染色体、巨质粒和大质粒
26.3 巨质粒和大质粒
26.4 第二染色体和巨质粒的本质
26.5 代表性种属的第二复制子
26.6 结论
参考文献
第27章 基因克隆与表达的质粒载体
27.1 基因克隆载体
27.2 表达载体系统
27.3 基因表达载体元件
27.4 由质粒递送的基因的表达
27.5 结论与发展趋势
参考文献
第28章 质粒是研究细菌基因功能的遗传学工具
28.1 质粒是构建突变体的工具
28.2 质粒用于更多的反选择策略
28.3 质粒系统用于捕捉启动子
28.4 质粒是一种递送工具
28.5 质粒用于各种遗传学操作
28.6 质粒是基因组和亚基因组工程的工具
28.7 质粒用于体内克隆和修饰系统
28.8 质粒载体用于染色体整合
28.9 质粒重排用于基因功能分析
28.10 质粒在无抗性压力下的维持
28.11 质粒是真核生物和病毒研究的工具
28.12 结论
参考文献
第29章 质粒可以作为抑制工具
29.1 主动抑制：基本原理及报告元件
29.2 针对生物降解细菌的抑制策略
29.3 增强抑制的策略
29.4 主动抑制系统可作为应用和基础研究的工具
29.5 结论与展望
参考文献
索引