扫烟囱的孩子汤姆一向受师傅葛林的虐待。一天,他同师傅去哈特荷佛庄园扫烟囱,路上遇到了乔装打扮成穷苦妇女的仙女,但他们并不知情。在打扫烟囱的时候,汤姆无意中闯入了园主的女儿爱丽的房间里,她吓得尖叫。大家把汤姆当成了盗贼,并在后面追赶他。他只好拼命逃跑。在仙女的暗中保护下,汤姆逃进森林,横越荒野,翻过峭壁,来到一位老婆婆的村舍里。之后,在仙女的引导下,他又来到河边,在极度困乏时在河水里睡着了。然而他并没有死,而是脱去了身上的污垢,变成了水孩子。从此以后,他开始独自在水中生活,同水中的各种动物打交道。在经历了许多奇遇之后,他跟着鲑鱼群顺流而下,来到大海中的一座仙岛。那座仙岛正是仙女和许多水孩子的住处。在这里,汤姆遇到了征恶仙人,她根据孩子们表现的好坏来决定对他们的奖惩,那里还有一位温柔、慈爱的福善仙人,她代表着至善的仁爱。陆上的世界里,哈特荷佛庄园的人都以汤姆死了,都很伤心。可是。一天,爱丽和老教授在海边看到了水孩子汤姆,老教授汤姆扔掉以后,爱丽想捉住他,结果脚下一滑,头部被石头撞伤。没过多久,爱丽也被仙女带走了。仙女委派水孩子爱丽做汤姆的老师,教他读书。在爱丽的教导和帮助下,汤姆渐渐改掉了坏毛病。纯洁善良的心灵也使爱丽赢得了特殊的奖励——星期天她可以离开别的水孩子到一个奇特的地方去,而汤姆却不能和她一起去。汤姆问仙女自己怎样才能和爱丽一样,仙女告诉他,他必须出去闯世界,做他不愿意做的事。对于汤姆来说,他最不愿意做的事就是拯救他的师傅葛林了,然而他又必须去做。汤姆决心到遥远的地方去解救正在受难的师傅葛林。他历尽艰辛,游历了许多奇怪的地方,碰见了许多怪异的人,还见到了海洋生物的造物主。经历了一系列的艰难困苦,汤姆终于完成了使命,帮助师父从罪恶中觉醒,同时他自己也成长为一个热爱真理、正直、勇敢的男子汉,并且得到了奖赏——星期天同爱丽一起去那个美丽的地方。