尽管密尔声名显赫,在政治经济学、伦理学、历史学等领域都受到广泛关注,但他关于人类思维和行为的科学(“精神科学”,包括心理学、伦理学、经济学、政治学、历史学、社会学等)的整体研究、尤其是对该门学科方法论的考察,却较少受到重视。事实上,对这个方面的研究是放在他最重要的著作之一——《逻辑体系》的最后(第六本书),因此从某种意义上来说,前面关于方法论的阐述是对此做铺垫,这可以从《精神科学的逻辑》一书的“绪论”中的一句话得到证实:“如果可以指望前面的几本书中制定出来的原理在什么地方能派上用场的话,那么正是在这个主题(心灵和社会)上。”在密尔写作《逻辑体系》之前,已经有不少伟大的思想家对人性、心灵规律和社会做了研究,包括休谟、洛克、孔德和密尔的父亲詹姆斯·密尔。但这些努力似乎并没有缩小精神科学与自然科学(或物理科学)之间的距离。因此密尔觉得有必要考察“精神科学是否存在或能否存在,它们可以实现的完善程度,以及通过对……方法进行何种选择或修改才能达到那种完善程度”。