“戊戌六君子”中的杨锐、刘光第、林旭、谭嗣同,曾经被任为四品军机章京,在军机处“参预新政”。帝后间的矛盾,已裁及将裁衙门官员的担忧,政治谣言的风起云涌,满族官员对“保中国不保大清”的怨恨和惧怕,对罢黜老成和登用新进的腹诽,均交织在一起,使他们举步维艰。在他们内部,又存在着政见的歧异,而举动言语不慎,缺乏实际政治经验,则是他们的致命伤。密诏传出,各方政治力量纷纷活动,四章京接到密诏后的活动至今虽然依旧扑朔迷离,但帝后矛盾,新旧党争,满汉矛盾,外人的营救,袁世凯的告密,朝廷的权力与外人的干涉等等,纠葛在一起,将四章京推向了死路。《戊戌军机四章京合谱》通过考察这四个来自不同地域、性格各异、成长经历迥然不同的人,如何一步步地走进政治斗争旋涡的中心,来展现“自改革”思潮在甲午战争后的发展、影响的层面,以及如何走到了“维新旧梦已成烟”的历程。