(一)编者出于开展黄遵宪研究之动机编撰《黄遵宪题批日人汉籍》,主要辑录黄遵宪对日人汉籍之题批。黄氏所题批的相关文本中其他人士之意见,适当选择录于后,以期读者能参酌互见。(二)黄遵宪批评日人汉文,大多从文章的思想观点着眼,《黄遵宪题批日人汉籍》为免过于累赘而喧宾夺主,对相关的日人汉文文本,只概括其大意,指出黄遵宪批评之根由,未将原文本录出。黄遵宪批评日人汉诗,多从艺术上着笔,为使读者对批语有直观之感受,亦因为诗作篇幅相对较短,故对相关的日人汉诗大多录出。(三)《黄遵宪题批日人汉籍》只着眼于黄氏题批之史料价值,故除必要之说明外,不附加编者之议论。(四)《黄遵宪题批日人汉籍》编写所依据之日人汉籍,绝大部分是郑海麟博士在日本京都大学人文科学研究所、日本东京大学教养学部近代史研究室、日本东洋文库近代史研究室等单位从事研究工作时搜罗所得。《黄遵宪题批日人汉籍》编排之体例,依黄遵宪撰写批评之时间先后为序。