从20世纪60年代开始借助分子生物学技术研究果树，最初在简单条件下育出了苹果花粉植株及多种果树叶片离体培养细胞植株，建立了相适应的技术体系用于实践，比较成功例子是简化组培快繁技术和胚培远缘杂交育种，该技术已进行推广应用。随着科技平台建设等条件的改善，自20世纪90年代开始结合生产实际问题，侧重研究了种质资源演化，短枝型基因文库建立和成花、抗性、矮化基因的标记和克隆，培育了部分转基因植株。之后又相对集中到矮化等性状遗传分子机理和无融合矮化种子的培育；抗行砧木分子选育技术；果实风味品质与成熟衰老的分子机理；光合、水分、信号物质分子生理；花、叶、根器官形成的调控等研究工作，并取得一批成果。研究注意多学科交叉和借鉴基础科学的已有成果，重视总结分析群众实践经验，结合中国实际，使研究成果更多的服务生产。
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