故事发生在19世纪上半叶美国密西西比河畔的一个普通小镇上。汤姆·索亚是个调皮的孩子,他和同父异母的弟弟一起接受姨妈波莉的监护。他总是能想出各种各样的恶作剧,让波莉姨妈无可奈何,而他也总能想尽办法来躲避惩罚。一天,汤姆见到了可爱的姑娘蓓姬·撒切尔,她是撒切尔法官的女儿。汤姆一见到她就对她展开了攻势。而他的爱似乎也得到了回应。镇上有一个孩子叫哈克贝利·费恩。他的父亲总是酗酒,父母一直打架,因此他跑出来自己生活。他看起来和文明社会格格不入,大人们都不喜欢他,可汤姆和他却是好朋友。一日半夜,汤姆和哈克去坟地“试验”用死猫治疣子的方法时,意外地遇上了一场谋杀案——去盗尸的罗宾逊大夫、印第安人乔和酒鬼波特三个人发生争执,一怒之下,乔把大夫杀了,并把杀人罪赖到了被打晕的波特身上。当时吓得够呛的汤姆和哈克发誓,要对此事严守秘密。但汤姆在很长时间内一直陷于不安之中。后来,汤姆由于和蓓姬怄气而与好友一起离家出走,汤姆、乔·哈波和哈克一起坐筏子到一个小岛上去当“海盗”。镇上的人不知道他们的去向,以为他们在河里淹死了。在为他们举行葬礼的那天,他们三人却“奇迹般”地出现了。汤姆成了学校里的英雄。蓓姬也在不久之后与他重归于好……不久后,法院终于要审理那桩凶杀案——大家都以为凶手是波特时,汤姆克服恐惧,告发了印第安人乔,但乔却当场逃走了。汤姆陷入了极度不安之中。后来,汤姆和哈克去一个鬼屋“寻找海盗埋藏的财宝”的时候,发现乔装的印第安人乔和一个同伙在鬼屋中找到了一部分财宝,并且偷听到有一个“二号”——另一个藏宝藏的地方。他们决定找到“二号”。几天后,蓓姬、汤姆和一些其他朋友去“野餐会”,他们来到了麦克杜格尔洞——一个迷宫般的岩洞里玩。汤姆和蓓姬光顾着玩耍,脱离了大伙儿,迷路了。他们在洞里历尽波折,饥饿、干渴、黑暗和恐惧不断袭击着无助的他们。过了好几天,他们也没找到出路。更可怕的是,他们在洞中看见了印第安人乔……镇上的人们都以为他们死在洞中了,波莉姨妈和撒切尔一家都悲痛极了。直到一天半夜——镇上突然喧闹起来——汤姆和蓓姬被找到了!原来,汤姆牵着绑在石头上的风筝线探路,终于找到了一个出口,最后被几个好心人送了回来。由于这件事,洞口被封了。汤姆知道后,便把印第安人乔在洞里的事告诉了蓓姬的爸爸撒切尔法官。法官便带人去查看,洞门被打开了,但乔早就饿死了。后来,汤姆经过分析,判定宝藏已经被印第安人乔藏到岩洞中了。于是他和哈克偷偷地潜入到岩洞中,并根据他们偷听到的关于“二号”的描述,找到了一个宝箱——里面有一万两千余美元!发现宝藏的他们成了大富翁。从此以后,汤姆和哈克变成了小镇上的“风云人物”,不仅走到哪儿都会受到欢迎,而且他们俩的小传还登在了镇报上……