《何陋居集》,收录了顺治十六年(1659年)至顺治十八年(1661年)之间的诗,共计934首,均为方拱乾流放黑龙江宁古塔其间所作。诗集命名“何陋”,据作者言,“盖取阳明子居龙场之义而颜其所居屋也”;其本义源于孔子“君子居之,何陋之有”一语。方氏此集,是黑龙江现存的第一部诗集,诗中内容涉猎甚广,有史实,有人事,有风俗,有物产,既可补史之阙,亦可与其他史籍互相印证。《甦庵集》,收录了顺治十八年(1661年)十月十八日之后的诗,均为方拱乾赦归及归后所作,共计481首。诗集命名“甦庵”,盖借廷有更生之意,以此喻其被赦。该集记录了方氏赦归后的诗歌创作情况、生活和交游情况,为研究方氏晚年的生活和创作提供了极有价值的史料。