植物内生菌名称是经历了几十年的发展才逐渐形成的。虽然内生菌早在100多年前就已经被发现。但由于被感染的寄主植物不表现出症状,因此长期以来,内生菌的存在一直被忽略。直到20世纪30年代,发现给畜牧业带来严重损失的牲畜中毒事件是由于牲畜食用了感染内生真菌的牧草所致,植物内生菌作为一种新的微生物资源才受到了广泛的关注。1866年De Bary为了将生活在植物组织内部的微生物与那些生长在植物表面的表生菌(Epiphyte)相区别,首先提出了内生菌(Endophyte)的概念,认为凡是在植物体内的微生物均为内生菌。1992年Kleopper提出植物内生菌是从植物内部获得的,对植物的表型特征和功能不造成实质性危害的微生物。根据这一定义,一些能在植物体内定殖的致病菌和菌根菌不应属于内生菌。Pemni(1991)和Wilon(1995)则认为,一生或至少一生中的某个阶段能进入活体植物组织内,并在植物组织内不引起明显组织变化的真菌或细菌均为内生菌;按该定义,那些在生活史中某一阶段能营造表生生活的表生菌、对寄主暂时没有伤害的潜伏性病原菌(Latent pathogens)和菌根菌等均属于内生菌的范畴。目前,Petrini和ilon的定义被大多数研究者所接受。