亿万年前大海深处的一只鱼,在自然进化中变为鱼鸟,然后又在地质灾难中变成了神农架崖壁上的活化石。经过了万年的风雨洗礼,鱼鸟醒来时已进化成了一只十头似冠的凤鸟。刚刚苏醒的凤鸟误坠腾龙洞,命悬一线时,被仁爱的九色鹿所救。它们相伴林间,成了亲密的好伙伴。此后,因为人们的误解和贪婪,“十头凤鸟”被射下一头,成为了“九头妖鸟”,九头鸟不仅要洗刷自己的恶名与冤屈,而且要寻找智慧的人来统治九州,启迪民众。在寻找智慧谷的过程中,九头鸟发现途经的一处地方大旱,为了拯救苍生,它飞翔于群山之巅,引来九州惊雷,滴血降露,拯救苍生,并戳穿了火神九眼犬的阴谋。火神逃走,心中不甘,又勾结了瘟神九尾狐,设计毒杀九头鸟。毒蝎三次过河的刺杀计划都被九头鸟机智化解。九尾狐心怀恨意,制造出一场瘟疫。在天地生灵面临浩劫时,九头鸟大智大勇,击败了九尾狐,赶走了瘟疫。九头鸟把自己的一双眼睛给了盲女小希,它的故事又感动了海蚌,海蚌的泪滴变为了九头鸟的珍珠眼。生死浩劫后,人们重获安康,九头鸟和九色鹿又再次踏上了寻找智慧谷之路。