福建省农业科学院坚持以应用研究和开发研究为主,适当开展基础研究,建立了作物育种、园艺科学、农业微生物、农业生态、动物传染病、基础生物学、植物保护、农产品加工、农村区域经济、食用菌等10个创新团队,着力提高科技创新能力。在水稻育种(超级稻、转基因水稻)、果树育种(枇杷、龙眼)、动物病害(番鸭细小病毒病、欧鳗小瓜虫)、植物保护(捕食螨、柑橘黄龙病、生物杀菌剂-ANT18098A和生物杀虫剂.BtA)、农业生态(红萍资源)等方面研究居世界先进水平。近年来实施“双百”行动,每年选派百名农业专家深入基层服务百家农业龙头企业,选派百名农业专家驻点农村服务百个规模经营的专业农户。建立了200多家农业龙头企业技术示范点和300多个规模种植科技示范基地,探索出农业科技服务“三农”长效机制,有效推进了科技成果的转化应用。