《秘密的女儿》的故事从印度的一个雨夜开始讲起。印度,雨夜。卡维塔经过艰难的阵痛,终于生下了一名漂亮的女婴,她给孩子起名为乌莎。第一个孩子因为是女婴而被夫家杀害,为了避免悲剧的再次发生,卡维塔苦苦哀求丈夫不要带走孩子,次日不顾身体的疲惫,光脚徒步将孩子送至孟买的孤儿院。地球的另一端,美国女医生萨默在确定自己的不孕诊断后,决定与印度裔丈夫克里希一起收养一个孩子。看到孤儿院寄来的乌莎的照片后,他们就爱上了这个孩子,于是千里迢迢飞到孟买,抱着乌莎回美国。乌莎从小衣食无忧,但是对自己的身世充满了深深的好奇,而萨默对她的身世一直讳莫如深。乌莎常常暗自神伤,并且不断地给自己的生母写着一封封没能寄出的信。命运的巧合使得乌莎在读大学时获得奖学金赴印度一年。来到孟买后,她想方设法打听自己的生身父母的消息。一头是将她送至孤儿院的贫穷生母,一头是对她关爱呵护备至的坚强养母,面对两端的牵绊和深情,她会如何抉择?