《杜威的经验自然主义及其宗教观》按照杜威哲学思想的内在逻辑来组织材料。按照杜威哲学的方法论、经验概念、本体论、认识论和社会哲学这个思路来撰写，一方面，这符合杜威哲学体系的内在逻辑结构，包括最为基础的本体论、作为认识方法的认识论、作为哲学思想的应用的社会哲学。从最为基础的部分开始，能够清晰地解释应用阶段的概念和思想来源；另一方面，这也符合杜威用发生学方法考察哲学史的顺序。杜威对哲学史的考察，按照历史的顺序，包括古代哲学、近代哲学和现代哲学。杜威是按照经验的历史发展的线索来考察哲学史的，这样也符合发生学方法对经验功能性的解释。哲学史是逻辑和历史统一。这句话同样适用于杜威的哲学思想。虽然整体架构是以杜威哲学思想的内在逻辑发展为主线，但是在个别章节中（例如，思想来源方面）将会采取按照历史顺序的方法来组织材料。这是以对杜威发生学方法形成所产生的影响为主线的。
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