《玛雅谜章:极乐世界》主人公是中国汉族和某支墨西哥属印第安人的混血,儿时成长在印第安部落,十五岁时随着父亲去了中国。而后,主人公在父亲去世后,又返回了墨西哥。《玛雅谜章:极乐世界》主人公在美洲丛林的冒险途中,陷入了神灵布下的圈套,以至于迷失在虚幻的世界之中。他必须找出神灵秘密埋藏在某一神秘地点的一卷卷轴,才能揭开神灵的阴谋,找到回到真实世界的道路。而打开那卷神秘卷轴封锁的钥匙,则是三颗沾染神灵血液的圣血长钉,它们分别被神灵的信徒埋藏在三个神秘的地点之中。其中每一个地点都危机重重,充满着原本不属于这个世界的危机,各种恐怖凶残的生物守卫着每颗圣血长钉的存在。《玛雅谜章:极乐世界》主人公在接下来的冒险途中,结实了第二主人公,同样深陷迷失世界的犹太人,苏伦,二人成为至交好友,一同奔赴险境,共同找寻神秘卷轴的存在。而后,二人又遇到了女主人公和女主人公的父亲,在一同冒险途中,主人公与女主人公相互扶持,坠入爱河。最终几人踏遍三处神秘时空,集齐了三颗圣血长钉,又找了神秘卷轴的埋藏地点,并最终揭开了其中的秘密,并了解了一段有关人类发源,以及尘封千万年的神灵之间的恩怨。