自然法的五项基本原则相互关联、相互制约,从而构成了一个辩证的体系。五项基本原则可以分为两个层级,第一层级为价值判断理性,包括存在派生关系的正义、公平、平等三原则;第二层级为实践理性,第二层级原则以第一层级原则为基础,其中善意原则主要源自正义原则,和谐原则主要源自公平原则。一般来说,对于不同的情势,需要适用不同的基本原则;当数项基本原则共同作用于某种情势的时候,各原则的侧重会有所不同。当五项原则发生冲突之时,前一项原则优于后一项原则。自然法正是从这五项基本原则展开,发展到一般法律原则,再具体化为强行法的。自然国际法基本原则并非孤立,而是与实在国际法存在着互动关系的。自然国际法的基本原则也决定着实在国际法,实在国际法也对自然国际法的基本原则起着反作用。就自然法的基本原则的运作而言,在国内法上,其通过国家意志的作用,转化为实在法而发挥作用;在国际法上,其主要通过国家意志的合意,转化为实在国际法而发挥作用,同时也可以通过其所衍生的第二层级与第三层级渊源在特定条件下直接作用于国际关系而发挥作用。