在确认人民调解协议无效之诉中,双方对协议的效力存在争议,往往是一方认为有效,另一方认为无效。正因为双方存在纠纷,故其属于诉讼案件的范畴,适用普通程序。诉讼案件根据性质又有确认之诉、给付之诉和形成之诉的区分,确认无效之诉就属于其中的确认之诉。而在司法确认程序中,双方均认为人民调解协议有效,不存在纠纷,因而其属于非讼案件的范畴,适用特别程序。前述有关普通程序与特别程序的区别,同样适用于两者,具体来说:第一,在诉讼构造,在确认无效之诉中,双方当事人系原被告关系,诉讼因原告起诉而发起。如由一方向另一方提起的,则另一方为被告;如由第三人提起的,则该第三人为原告,人民调解协议的双方当事人为共同被告。而根据《人民调解法》第33条的规定,申请人民调解协议的司法确认,必须由双方当事人共同向法院申请,不存在单方申请问题,双方当事人间也不是原被告关系。第二,在审判组织问题上,根据《司法确认规定》第5条规定,司法确认程序实行独任制,而确认无效之诉则以合议制为原则。第三,在审级问题上,司法确认程序实行一审终审制,当事人不能申请再审。