《本草纲目》还继承了《新修本草》首创描绘药图的成功经验。绘药图1109幅，加强描绘药物特征的准确性，为后人认药、采药、鉴药提供了方便。除历代本草著作外，更重视从医籍方书中搜集资料扩充本草。上自《灵》、《素》，下迄宋金元明诸家，凡与本草有关者皆在征引之列。《本草纲目》引用医籍达361家，药后的附方，则几乎综列了所有医籍方书的经验良方。因此，《本草纲目》不仅是集本草之大成，也是医方之全书。这种以药带方，以方附药的方式，既证实了药物功效，又加深了对药物的认识，集中了临床经验，大大提高了本草的实用价值。另外，经史百家中的有关医药史料，也是考证源流、订正名实、辨析疑义乃至采拾验方的重要内容。除本草、医方、经史百家文献之外，实践经验是李时珍扩充本草的一条尤其重要的途径。他自己采集标本，品尝药味，栽种药物、炼制药品、解剖动物，并"遍询土俗，远穷僻壤"，从见闻以至民谚俗语中吸取民间用药的实际经验。
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