1898年9月21日以后的四五年,是它发展史上更为重要的阶段。变法维新仅百余日即遭扼杀,这一严峻的事实迫使维新派以至一切忧国之士,势必要对救亡、变革的方略、途径作更深入的思考。东渡日本后,梁启超等人借助日文书籍,对西方近代的思想学说较前有了更多的了解。梁曾说:“自居东以来,广搜日本书而读之,若行山阴道上,应接不暇,脑质为之改易,思想言论与前者若出两人。”(《夏威夷游记》,《饮冰室合集·专集》二十二)而且,由于身居异国,有了一个新的社会文化环境,在思想言论上较前更加自由,更少顾忌。因为现实的制度变革已被迫中断,这也迫使他们将主要精力用于理论思考和启蒙宣传。因此,在这一时期梁启超等人提供了较前更多的理论成果,思想进一步成熟、深化。这时,他们对中国近代化的问题作了更为全面深入地思考。他们所发动的文化批判与重建工作这时也全面展开。梁启超在日本先后创办的《清议报》和《新民丛报》的影响较之政变前的《时务报》更大。《新民丛报》出刊后,“国人竞喜读之,朝廷虽严禁,不能遏。每一册出,内地翻刻本辄十数。二十年来学子之思想颇受其影响。”(梁启超:《清代学术概论》二十五,《饮冰室合集·专集》三十四)后来,不少著名的政治家、思想家都承认,他们在青年时代曾受到《新民丛报》特别是梁启超文字的积极影响。大致说来,从1895年的“公车上书”起,戊戌思潮成为中国社会的主要思潮,处于独领风骚的地位。但到1903年,它的主潮地位为革命思潮所取代。早在“公车上书”前,孙中山即已成立兴中会,并开展革命活动,但势力与影响尚不大。“百日维新”被扼杀,“自立军”起义被镇压,《辛丑条约》的签订,沙俄强占东三省拒不撤兵……这一系列接踵而来的事变都在步步激发革命风潮的勃兴。到1903年,形势有明显变化。在这年年初(旧历元旦),日本东京的中国留学生集会,有人公开发表排满革命演说。不久,在日本的中国留学生先后成立“拒俄义勇队”和“军国民教育会”。接着,邹容、章太炎发表《革命军》和《驳康有为论革命书》,造成巨大震动。由此而引发的《苏报》案使革命情绪进一步高涨。在戊戌政变后,维新派的队伍便逐渐发生分化。一些人抛弃改良、投身革命,而梁启超则在改良与革命之间摇摆。面对1903年所发生的这一系列事件,梁启超结束了思想上的摇摆,公开反对革命。出于对革命的恐惧以及游历北美后所产生的民族自卑感,1903年秋梁从北美返回日本后思想大变。他公开发表了“告别共和”和“梦俄罗斯”的宣言,明确倾向开明专制。这时,梁启超等人关于中国如何实现近代化,如何进行社会变革的基本主张已落后于时代的步伐,失去其先进性。于是,越来越多的先进中国人告别改良,投向革命。从此,革命思潮取代维新思潮成为中国的主要社会思潮。