不小心闯入另一个平行世界的少年哆哆,来到了充满挑战和冒险的数学岛。在寻找回到原来世界的方法时,哆哆遇到了声名赫赫的“数学神偷”——阿鲁鲁和修米,并和他们成为了很要好的朋友。阿鲁鲁误偷了撒比特拉玛将军的水晶骷髅头骨,头骨却又落入了骷髅教主扎昆这个黑魔法师的手里,为了夺回水晶骷髅头骨,并且阻止扎昆想要毁灭地球的邪恶行为,哆哆、阿鲁鲁义无反顾地开始了一场正义之战。已经灭绝的恐龙竟然也出现了。哆哆和朋友们来到了一个叫桌面山的地方,遇到了“比花还要漂亮的恐龙”——“花恐龙”。他们在这里又遭遇了什么呢?和恐龙族的长老们轮番比试智慧,谁赢谁输呢?继续寻找扎昆的哆哆一行来到了“图形城”,他们发现这里的人们被人施了黑魔法,得了“恶魔王综合征”。而这一切的都是扎昆搞的鬼。为了拯救大家,哆哆一行找到了德里奇的师傅克里修,请他施展救人的魔法,克里修师傅同意了吗?拯救人们的行动成功了吗?