《科学认识中的怀疑与批判》上篇共分为三章：第一章主要梳理哲学史上怀疑主义的发展轨迹，追溯怀疑主义对于认识产生和进展的内在推动作用；第二章考察怀疑主义与科学哲学的内在联系及其演变；第三章对怀疑这一科学认识的重要环节进行过程学、心理学和价值学的分析，论述怀疑对理论和现实的双重指导意义。下篇也分为三章：第一章，作者选取西方哲学史上具有代表性的批判理论进行了梳理，以此为理论前提展开对批判的哲学分析。第二章是本篇的主体部分，作者尝试着扬弃各种批判理论的历史形式，将批判作为一个哲学乃至科学哲学的普遍问题，从类型学、结构学、过程学、效用学、演化学等角度对其进行了元理论层次的全方位剖析，指出合乎理性的批判是促进思想启蒙和科学创新的必要环节，并力图揭示合理批判的内在规律。第三章，作者将目光转回中国，以辩证法的批判观念为指导，历史地回顾了中国社会走过的批判历程，在此基础上，指出中国传统社会批判精神的不足，阐发了批判精神对创新型国家建设的意义，进而就中国当代语境下合理批判精神的重建问题给出了一些哲学层面的建议。
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