《近代中国的知识与制度转型》分为概念、学科、教育、文化、制度5篇,共19章,分别探讨与主题密切相关的解释一词即是作一部文化史、分科的学史与分科的历史、“教”与“育”的古今中外、近代中国国字号事物的命运、章程条文与社会常情及其变态等重大问题。概念篇以科学、美术、地方、少数民族为例,由史事展现概念的发生、演化进程及其含义的复杂;学科篇以考古学、中国哲学、北京大学政治学科的成立、中国“文化学”的学科建构以及中山大学人文学科的取向为例,显示以分科为科学的影响以及古今中外学问的不同条理系统的缠绕;教育篇分别考察了所谓私塾及私塾改良、学制改变对高等教育的影响、政教合一与乡村建设的复杂纠葛,可见以外来观念认识中国事物的偏差以及不同学说体制影响近代转型的详情;文化篇则从汉字、冠服、绘画、中医等改革,体察国人在把握民族性与国民性(或时代性)的尺度及其平衡关系方面的困扰;制度篇由改行预算制、邮政与驿传、铨选变更等方面检讨外来体制取代固有制度进程中的种种纠结变异。