用药如排兵、用方如布阵。《王琦方药应用31论（王琦医书十八种）》为《王琦医书十八种》之十三，全书在系统考察王琦教授对方药应用31论研究历程的基础上，分理论、应用两篇加以全面介绍。理论篇包括“用方9论”和“用药22论”。“用方9论”突破传统的辨证立法、以法统方的主流格局，架构主病主方、汤方辨证、辨体用方、经方、名方、小方、自拟方、方药活用、组方法度等多元化的制方模式，其中主病主方较之专病专方、汤方辨证较之辨证用方具有明显的优势；辨体用方较之辨病、辨证用方具有无可替代的作用；“方药应用31论”针对方药历史上不同学派之争，提出“经方时方各擅其长，无需各立门户；辨证用方专病专方，无需形同水火；复方单方择善而从，无需厚此薄彼；活方活法活用，全在领悟贯通”。以申其义。“用药22论”打破传统的“以药论药”的单一格局，构建阴阳论、动静论、升降论、开合论、润燥论、轻重论、气血水论、药量论、性味论、辨体论、要药论、专药论、专长论、毒药论、反药论、时令论、对药论、引药论、生熟论、药敏论、男女论、药食论等多元化的遣药模式，其中辨体论、男女论和药敏论从“药一体”视野重视不同的体质类型和状态对药物反应的个体差异性，药食论从“药食同源”角度引导人们认识“食兼药用”的意义。《王琦方药应用31论（王琦医书十八种）》应用篇包括方剂类、中药类、实验研究及国外中药研究，较为全面地反映了王琦教授的方药理论研究转化为临床应用、基础研究的思路和成果。
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