清官配方档将成方分为16门:风痰、痰嗽、伤寒、暑湿、燥火、脾胃、眼目、疮科、妇科、小儿、补益、泻痢、咽喉口齿、气滞、痰症、杂治;《清宫配方集成》在此分类基础上,结合临床分科现状与需要,将泻痢门归入脾胃门,将痰症门归人风痰门,将咽喉口齿门分为咽喉、口齿两类,另增加瘟疫、伤科、耳鼻、肛肠、美容等类,共20类方。针对具体每个配方的归类采取的原则是,原来已归类的参照原方,未归类的编者根据功效主治纳入;由于关注点的不同,每个配方或可有不同归类法。清官配方的出处指的是该方来自清官何种档案或资料,包括丸药配方档、御药房丸散膏丹配方、药库丸散膏丹配方档、修合成方、上用丸散膏丹配方簿等配本,及清官配方治方手抄本与清官医药档案中散方等原始文献;出处还说明了配方同时见于《清太医院配方》、《清太医院秘录医方配本》、《太医院秘藏膏丹丸散方剂》等专著中的情况。