DNA编码序列的设计与优化

第1章 NDA计算
1.1 DNA计算的出现
1.2 DNA计算的研究进展
1.3 DNA计算的实现方式
1.4 DNA计算的基本思想
1.5 DNA计算研究所面临的问题
第2章 与DNA计算相关的分子生物学基础
2.1 DNA的理化性质
2.1.1 DNA的化学组成
2.1.2 DNA的结构及特点
2.1.3 DNA的变性与复性
2.2 DNA杂交反应的热力学基础
2.2.1 基本的热力学参数
2.2.2 G0与H0、S0和温度的关系
2.2.3 浓度对G的影响
2.2.4 G，H，S和Keq的温度依赖性
第3章 DNA计算中的编码问题
3.1 DNA计算中的编码问题
3.1.1 DNA编码问题的定义
3.1.2 DNA编码的非规范几何结构
3.1.3 规范几何结构的数学模型
3.2 DNA编码的分子生物学约束
3.2.1 物理约束
3.2.2 热力学约束
3.3 DNA编码问题的研究现状
第4章 基于随机产生实时过滤算法的 DNA编码序列设计
4.1 设计思想
4.2 DNA编码序列设计
4.2.1 （I）类约束条件
4.2.2 （I）类约束条件的排序
4.2.3 （II）类约束条件
4.3 结果与讨论
第5章 基于组合权重的DNA编码 序列集合评价模型
5.1 系统评价
5.1.1 系统评价的定义及步骤
5.1.2 评价指标体系
5.1.3 权重
5.2 DNA编码评价指标的建立
5.3 DNA编码序列集合评价模型
5.3.1 基于组合权重的综合评价模型
5.3.2 约束条件之间的相关性
5.3.3 权重系数的确定方法
5.4 结果与讨论
第6章 基于改进Hopfield网络算法的 DNA编码序列设计
6.1 MNCP是NP困难问题
6.1.1 图的最大团问题
6.1.2 MNCP可映射为MCP
6.2 Hopfield网络
6.2.1 离散型Hopfield网络
6.2.2 连续型Hopfield网络
6.2.3 Hopfield网络与优化计算
6.3 DNA编码序列设计
6.3.1 神经元内电位更新模式的改进
6.3.2 基于改进Hopfield网络算法的MCP求解
6.3.3 算法实现
6.4 结果与讨论
第7章 基于模拟退火遗传算法的 DNA编码序列设计
7.1 模拟退火遗传算法
7.1.1 模拟退火算法
7.1.2 遗传算法
7.1.3 模拟退火算法与遗传算法的混合策略
7.2 DNA编码序列设计
7.2.1 问题描述
7.2.2 算法实现
7.3 结果与讨论
第8章 基于文化遗传算法的 DNA编码序列设计
8.1 文化算法
8.1.1 文化算法的计算框架
8.1.2 文化算法的理论介绍
8.1.3 文化算法的实现步骤
8.2 DNA编码序列设计
8.2.1 问题描述
8.2.2 算法实现
8.3 结果与讨论
第9章 基于改进NSGA-II的 DNA编码序列设计
9.1 非支配排序遗传算法
9.1.1 多目标优化问题的定义及相关概念
9.1.2 非支配排序遗传算法
9.1.3 带精英策略的非支配排序遗传算法
9.2 DNA编码序列设计
9.2.1 数学模型
9.2.2 约束条件的处理
9.2.3 算法实现
9.3 结果与讨论
第10章 基于混合蚁群算法的 DNA编码序列设计
10.1 蚁群算法
10.1.1 蚁群算法的基本原理
10.1.2 蚁群算法的逻辑结构
10.1.3 蚁群算法的模型
10.1.4 蚁群算法的实现步骤
10.2 DNA编码序列设计
10.2.1 构造城市群
10.2.2 蚂蚁的转移规则
10.2.3 路径评价
10.2.4 交叉和变异操作
10.2.5 算法实现
10.3 结果与讨论
第11章 基于剪枝优化算法的 DNA编码序列设计
11.1 搜索算法与剪枝优化
11.1.1 搜索方法
11.1.2 剪枝优化
11.2 DNA编码序列设计
11.3 结果与讨论
第12章 基于粒子群优化算法的 DNA编码序列设计
12.1 粒子群优化算法
12.1.1 标准粒子群优化算法
12.1.2 粒子群优化算法的改进策略
12.1.3 常用的测试函数
12.2 DNA编码序列设计
12.2.1 设计思想
12.2.2 约束条件的选择
12.2.3 适应度函数的建立
12.2.4 算法实现
12.2.5 结果与讨论
12.3 基于四进制离散粒子群优化算法的DNA编码序列设计
12.3.1 二进制粒子群优化模型
12.3.2 四进制粒子群优化模型
12.3.3 问题描述
12.3.4 算法实现
12.3.5 结果与讨论
第13章 基于改进人工鱼群算法的 DNA编码序列设计
13.1 人工鱼群算法
13.1.1 人工鱼群算法的基本原理
13.1.2 人工鱼群的行为描述
13.1.3 人工鱼群算法的数学模型
13.1.4 人工鱼群算法描述
13.1.5 人工鱼群算法的寻优机制分析
13.2 DNA编码序列设计
13.2.1 数学模型
13.2.2 改进的人工鱼群算法
13.2.3 算法实现
13.3 结果与讨论
第14章 基于野草算法的 DNA编码序列设计
14.1 野草算法
14.1.1 野草特性
14.1.2 野草算法
14.1.3 野草算法的收敛性分析
14.1.4 野草算法的相关研究
14.2 基于野草算法的DNA编码序列设计
14.2.1 数学模型
14.2.2 算法实现
14.3 结果与讨论
参考文献