《眼科百问》全书以问答的形式，深入浅出地对五轮八廓、七表八里、十二经络、七情六欲、五行五味、形色吉凶及各种眼病的发病机制、治法方药进行了条分缕析，强调治疗眼病应因人、因时、因地制宜，突出了辨证论治的整体统一思想。这些特点，在其他眼科专著里是比较少见的。例如：书中论目昏，提出早晨昏、日中昏、日夕昏、晚上昏之病机、治法、方药应当不同；对目痛，也应区分夜半目痛、天未明目痛、目痛昼轻夜重、目痛夜轻昼重，而施以不同治法，此为因时制宜的典型。《眼科百问》熟练地将医学理论运用于眼科临床，扭转了不少眼科著作中空谈理论的现象，是比较少的理论联系临床的优秀读物。《眼科百问》又讨论了运气导致眼病的机理。用药方面，《眼科百问》辨治眼病的处方，不似其他眼科专著大部分引自古代医籍，绝大部分是作者自拟，且组方之法则独具一格，不落窠臼。
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